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乾隆在国家安全问题上，采取过许多或高明、或精明、或阴鸷的手腕。
有清一代，喇嘛教是国教，但乾隆并不信黄教。他在评论活佛转世时说：“蒙古呼图克图活佛转世，其实是一种取巧方便的办法……佛本无生死，哪有转世？但是不允许转世，那么数万番僧就无所皈依，所以不得不如此罢了。”（《御制喇嘛说》）
从这段谕旨看，乾隆对喇嘛教是不屑一顾的。但是，终乾隆一朝，皇帝对黄教领袖，一直极尽尊崇之能事。他把父亲的故府雍和宫改成喇嘛庙，以示对喇嘛教的尊崇。他对达赖和班禅提高了礼遇规格。为了迎接班禅远来，他专门在承德为班禅修建了一座规模宏大的庙宇——普陀宗乘之庙。这座庙耗资巨大，仅为其中的一座殿宇顶部镀金，就花去黄金一万五千多两。他亲派皇六子远赴内蒙古迎接，在承德的接待更是不计成本，优隆备至。
之所以如此，是因为乾隆很清楚喇嘛教对安定西藏和蒙古的作用。他多次说过“兴黄教，所以安蒙古”，“敬一人而千万悦”。他高屋建瓴，进一步树立达赖喇嘛的权威，由此拥有了确认转世活佛和任命高级教长的权力，从而牢牢地把西藏社会控制在自己手中。
但是，对于伊斯兰教，乾隆采取了完全不同的做法。他深知这一宗教的进取性，因此在回教地区大力推行政教分离，不允许宗教领袖取得世俗权力。他知道，伊斯兰教一旦实现政教合一，必然爆发强大的扩张力量，给帝国安全带来巨大威胁。平定新疆之后，他大力扶植伊斯兰世界世俗贵族伯克的力量，禁止阿訇干涉政治，高明地抑制了伊斯兰教的活力。他还十分高明地将东干穆斯林从中国西北部迁入新疆，利用他们对抗突厥语族的穆斯林，从而实现以回制回，成功地获得了新疆的稳定。即使以现代政治家的标准来衡量，乾隆对边疆问题的处理也是十分高明的。
乾隆的性格中并不缺乏善良、温和的一面，但他的本质毕竟是政治动物。对准噶尔蒙古人的屠杀，固然有泄愤的因素，更主要的却是出于长远考虑。乾隆喜欢做一劳永逸、斩草除根的事。他认为他有这个能力，也有这个责任，为后世子孙消除所有威胁。
种族灭绝，在他看来无疑是消除西部边疆威胁的最彻底、最有效的办法。为了大清王朝万世永固这个最终目标，他可以做出任何决定，也可以把自己变成一头野兽。确实，通过灭绝政策，乾隆皇帝实现了对西部中国前所未有的牢固控制。
对于整个中华民族来说，这是几千年来中国努力控制西域的一个完美结果。从汉代张骞通西域开始，天山南北以及巴尔喀什湖一带就是中原王朝一直努力经营的目标。汉、唐、元这三个强大帝国都实现了对西域的管辖，在这个地方设置过都护府，但是由于距离遥远，风土不同，中央政权一直很难在这里建立直接、持久、稳定的管辖，因此，西域一直是中华帝国版图中最不稳定的部分，与内地的联系时断时续，对内地的臣属也时叛时服。直到乾隆消灭了这片草原上最强悍的民族，把这片土地命名为新疆，中央政府才真正在这里建立了彻底、有力的统治。这一统治建立得相当牢固，在此之后的晚清时期，虽然列国对清朝瓜分蚕食，但新疆一直没有再次分裂出去。
