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1936年10月19日，鲁迅逝世。
之后，许广平把全部的精力都投入了整理鲁迅作品的事业中。1937年4月，她将鲁迅1934-1936年的杂文13篇编成《夜记》出版。又以“三闲书屋”的名义自费出版了《鲁迅书简》的影印本及《且介亭杂文末编》等书。11月上海沦陷后，为了保护鲁迅的全部遗稿及其他遗物，许广平留在上海。1938年4月，她又编成了《集外集拾遗》。
留在上海，也给许广平带来了麻烦。
1941年12月7日，日本向美国宣战。次日，日军开进上海租界。12月14日凌晨5时，许广平在寓所被捕，先被关押在北四川路日本宪兵司令部，然后又被转送到汪伪的特务机关“76号魔窟”。
因为许广平是鲁迅的伴侣，了解熟悉活跃在上海文化界的左翼名人，所以日本人希望从她身上打开缺口，将进步的上海文化名人一网打尽。
在狱中，面对打骂、断食、拷打甚至电刑等各种折磨，许广平始终没有屈服，一字不吐。在关押了76天后，无奈的日本人最终让内山书店把许广平保释了。许广平曾说：“身体可以死去，灵魂却要健康地活着。”
与此同时，朱安的生活境遇也不好。
独守空房侍奉婆婆的朱安，晚年也陷入了穷苦困境。她甚至准备卖掉鲁迅的遗稿，这一行为引来了各方的反对。温顺的朱安第一次情绪激动地为自己辩护：
“你们总说要保护鲁迅先生的遗产，要保护鲁迅先生的遗产，难道我不是鲁迅先生的遗产吗？！”
晚年的朱安
这时候，是许广平一封封信写给了她，一笔笔款汇给了她（当时许广平自己也不宽裕）。
在鲁迅去世后，朱安一直拒绝别人的接济，包括周作人的钱（她知道丈夫与周作人关系不睦，且后来周作人在汪伪政府任职），却一直乐于接受许广平汇寄的生活费。朱安也对人说：“许小姐待我好，她懂得我的想法，她的确是个好人。”
1947年6月29日，69岁的朱安孤独去世，临走前身边没有一人。
许广平当时无法赴京，汇钱托朋友为朱安办了丧事。但是，朱安生前希望葬在鲁迅身旁的愿望，没有达成。
