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（二）基督教
自蒙古大帝国瓦解后，元代输入的基督教（也里可温教）也趋于衰落。明朝中叶（16世纪初），欧洲基督教发生革命运动，新旧两派至以兵戎相见，结果旧教为新教所挫。旧教中若干有志之士，组织耶稣会（Jesuit），内谋改革旧教本身的缺失，外谋发展其传教事业。适值非洲好望角的新航路发现，葡萄牙人在东方积极扩展殖民事业，耶稣会教士也陆续东来。明孝宗弘治十三年（1500），耶稣会教士随葡人至印度布道，传播渐盛。嘉靖三十一年（1552），耶稣会东方布教总长方济各（Saint Francois de Xavier，西班牙人）欲来中国传教，因道死未能如愿。其后，又遣教士利玛窦（Matteo Ricci，意大利人）等来华。
明神宗万历十一年（1583），利玛窦至广东肇庆（今广东高要市），学习中国语文，以便传教，其后北上至南京，游说于搢绅之间。他于传布教义之外，并介绍西方的天文、地理、算学、兵器等学科于国人，更设立病院，为人治病，因而渐得国人的信仰。二十九年（1601），他与教士庞迪我（Didacus de Pantoja，西班牙人）同至北京，上书神宗，献天主经典，基督、圣母图像以及自鸣钟、万国图志等物。神宗准其在京师建堂传教，不数年，信徒至二百余，国人统称其教为天主教。廷臣如徐光启、李之藻等，均服膺天主教旨，从之习天算历法。当时中国士大夫学习西洋科学的兴趣甚浓，利玛窦乃利用此种心理，以传授学术达成其布道的目的。其教义与中国传统文化相互冲突之处，也加以调和折衷，因此甚得朝野人士的赞许，信徒日增。
万历末，利玛窦死，其后继者拘执教义，不知变通，致与中国若干传统习俗相冲突（如禁止教徒祭祖等），因此引起国人的不满，反对者渐多。明室遂于万历四十四年（1616）下令禁止传教，教士均逐回澳门。既而满人崛起，边患日亟，明廷需要改良兵器，乃于熹宗天启二年（1622），命澳门教士罗如望（Joannes de Rocha，葡人）、阳玛诺（Emmanuel jeune Diaz，葡人）等制造铳炮。次年，又召用教士艾儒略（Giulio Aleni，意人）等，教禁遂解。此后外人来华者益众，传教事业更为发达。思宗崇祯初，徐光启受命监修历法，并征教士汤若望（Johann Adam Schall Von Bell，德意志人）等译书演算。崇祯十四年（1641），新历告成。十六年（1643）颁布，是为《大统历》。既而明室覆亡，竟未及施行。
清军入关后，汤若望上书自陈，清室以之任钦天监监正，制定新历。若干反对西法的钦天监旧人对之甚为痛恨。康熙四年（1665），钦天监旧人杨光先首先攻击新历，于是汤若望及其属员均罢黜治罪。清室以杨光先继任钦天监监正，仍用旧法，其后光先推闰失实，清室改任南怀仁（Ferdinand Verbiest，比利时人）为钦天监监正。圣祖深知西洋科学的精妙，乃引用教士徐日升（Thomaz Pereyra，西班牙人）、白晋（Joachin Bouvet，法兰西人）等，轮流进讲，并以他们担任通译及若干外交事务。又命白晋、德玛诺（Romain Hinderer，法人）等分赴各省，测绘全国地图，历时十年而成，圣祖命名为《皇舆全览图》，它是中国第一部用经纬度测绘的地图。
耶稣会士的来华布道，对中国固有的风俗习惯，每抱容忍态度。教徒有崇拜祖先或孔子的，虽与其教义相冲突，也大都予以默认。但明末清初，旧教的其他若干宗派也相率东来，对耶稣会的传教方式，甚不谓然，因此屡向罗马教皇陈诉，以耶稣会之容许教徒祭祖为违背教义。教皇乃于康熙四十三年（1704）遣使携密旨来华禁革，使者与圣祖讨论传教事宜，意见不合。四十六年（1707），使者公布教皇密令，令教士不服从者，尽行远离；对圣祖的神学意见，亦有指斥。圣祖大怒，囚使者于澳门，并下令凡传教士无中国政府的许可证者，一律不准在中国传教。
世宗继位后，对来华教士取缔益力。规定除任职京师钦天监或其他要职者外，其余教士悉送澳门安置。世宗以后，教禁时宽时严，并未能彻底禁绝。至嘉庆十三年（1808），新教教士英人马礼逊（Robert Morison）始至广东布教。鸦片战争后，欧美各地的基督教会纷纷派遣教士来华传教。英法联军之役后，清廷正式撤销禁令，于是新旧教派传播益盛。若干教会更于传教之外，设立医院和学校，对中国文化和社会的演进，产生巨大的影响。
