一 清朝迁都北京 汉族人民的抗清斗争
李自成、张献忠的抗清斗争 当明末农民起义军胜利进军之时，崛起于东北的满洲贵族已经在关外建号大清，势力日益强大。满洲贵族看到明朝政府内部的危机日益激化，早就蓄有覆灭明朝的野心。他们一方面招降纳叛，对明朝的官僚尽力收买，另一方面又经常派兵打进长城，在河北、山东等地大肆劫掠。农民军占领西安后，满洲贵族曾经致书李自成，招诱农民军，要和农民军“协谋同力，并取中原”[257]遭到农民军拒绝。李自成进兵北京，推翻了明朝，满洲贵族也大为震动，这时，他们便乘机大举入关。
驻守山海关的明朝总兵吴三桂，在李自成占领北京时投降了清朝。他向清摄政王多尔衮“乞师”共同镇压农民军。同时又发布檄文，号召汉族军民支持满洲贵族对农民军发起反攻。满洲贵族与吴三桂的结合，给农民军造成了不利的形势。
李自成曾派人招降吴三桂，在吴三桂拒绝后，他立即率兵东征。大顺永昌元年（1644年）四月二十三日，李自成与吴三桂军激战于山海关，由于清军的猝然袭击，农民军失利。山海关败后，北京不能守，四月三十日，农民军放弃北京向陕西撤退。五月一日，清军进占北京。同年九月，清顺治帝从沈阳迁来北京，定北京为清朝的首都。
清朝定鼎北京后，即以全力追击农民军。他们采用各种手段拉拢明朝汉族官僚士人，宣称“倡先投顺者”给以高官厚爵，并为崇祯帝发丧，替明朝“报君父之仇”，又宣布废除三饷加派，这对原明朝治下的官民具有一定的影响力。当时北方的官僚士绅纷纷迎降，与清朝合作镇压农民军。
同年五月，明朝一部分官僚在南京拥立福王朱由崧为帝，年号弘光。弘光政权一方面要抵抗清朝军队南下，同时又要继续剿灭农民军。
这时农民军领导的内部发生了分裂，李岩请分兵河南，为牛金星谮杀。尽管如此，李自成还是拥有几十万军队，仍然在河北真定、山西井陉、河南怀庆、陕西潼关等地继续抗击清兵和明朝残余的军队。清朝统治者在巩固北京统治的同时，对汉族人民施行了圈地、剃发和屠杀等等民族高压的措施。各地人民都起来反抗清统治者。北京近郊的昌平、三河，以及冀中、苏北、山东、山西、河南等地人民的反清斗争，风起云涌，如山东西部的榆园军，山东东部的青州起义军，山西西部吕梁山区的起义军，河南怀庆、卫辉等地的起义军，在河北各地也有很多小规模的农民武装。在这些起义军中都有被清军打散的李自成旧部参加，他们或是独立作战，或是策应李自成的军队抗击清兵[258]。
清顺治二年（1645年）初，清统治者集中军力分两路攻入陕西，一路由阿济格率领，吴三桂为前锋，一路由多铎率领，孔有德为前锋。李自成迎击清军于潼关，经过激烈的战斗，农民军放弃西安，东下湖广。这年四月，农民军来到湖北通山县，李自成遭到当地地主武装的袭击，死于通山县九宫山。[259]
李自成死后，除去由郝摇旗、刘体纯等继续统率农民军余部之外，另一支由李过、高一功等统率的农民军十余万人也由陕西赶到。他们决定与南明的抗战将领何腾蛟、堵胤锡的军队联合，在湖广抵抗清兵。
同样，清统治者诱降在四川的张献忠领导的农民军，也遭到拒绝。李自成败退陕西时，张献忠便和李自成相约共抗清兵。顺治三年（1646年）冬，张献忠迎击清军于川北西充的凤凰山，遇伏而死。
张献忠死后，他的部将李定国、刘文秀、孙可望等人，也在川南云贵一带与南明桂王政府合作，继续抗清。
江南人民和南明政府的抗清斗争 顺治二年（1645年）春，由多铎率领的另一支清军，开始攻打南京的弘光政府。这时弘光政府内部正在进行激烈的党争和内战，朝政把持在马士英、阮大铖等阉党余孽的手中，这些人只知排斥异己，卖官鬻爵。镇守江北四镇的四个总兵刘泽清、高杰、刘良佐、黄得功在大敌当前之时，互相争权夺利，彼此仇怨极深，都不以国事为重。只有兵部尚书史可法督师江北，坚决抗战。但史可法内受朝廷的牵制，江北四镇又不听指挥，处处遭掣肘。顺治二年（1645年）四月，清军围扬州，史可法困守孤城，誓死不降。多铎曾先后给史可法五封书信，史可法都不启封。二十五日，清兵攻破扬州，大肆屠杀居民，死者不可胜数，史可法战败被俘，不屈牺牲。
五月二十四日，清军占领南京，朱由崧被俘。接着江南苏松所属的各城镇，也先后被清军占领。
同年六月，清廷下令江南人民剃发。蓄发是汉族人民传统的风俗，要强迫剃发，是汉族人民不能接受的。清军入关时，曾在北方下令剃发，三河县等地的人民就举行过反剃发的斗争。至此，江南各地的人民也纷纷起来反抗，其中以江阴、嘉定两地人民的斗争为最激烈。江阴人民推阎应元、陈明遇为领袖，立下“头可断，发不可剃”的誓言，在24万清军的攻击下，苦战了81天[260]。嘉定人民也组织乡兵，据城不降。在江阴、嘉定相继失陷后，两地的人民都遭清军的屠杀。这两次人民的抗清斗争，对后来东南各地人民的坚持抗清起了很大的鼓舞作用，并且牵制了一部分清军的主力，使得在浙江的鲁王政府和在福建的唐王政府得以从容建立起来。
顺治二年（1645年）六月，明朝官绅张国维等迎鲁王于绍兴，不久，礼部尚书黄道周和郑芝龙等复立唐王于福州，先后建立了鲁王和唐王两个政府。张国维、黄道周等人都主张坚决抗清，他们得到广大人民的支持。但是这两个统治集团之间，为了争“正统”，彼此互相水火，各自的内部也纠纷很多，以致不能配合作战。清王朝乘机采取分化离间的策略，先后诱降了鲁王政府拥重兵的方国安和唐王政府的郑芝龙。顺治三年（1646年）六月，两浙失守，张国维自杀，鲁王逃亡海上。鲁王兵败后，清兵又打败黄道周的义兵，并先后占领福建的很多城市，覆灭了唐王政府。这时，除去张名振、张煌言等奉鲁王在浙江沿海一带继续抗清外，守两广的瞿式耜、丁魁楚又在肇庆拥立桂王，成立了桂王政府。
桂王政府成立的时候，清军已控制了黄河流域和长江下游地区。顺治三年（1646年）九月，清军分三路向西南进攻，企图一举消灭明朝的残余势力。在这个紧急时期，李自成的部将李过、高必正、郝摇旗等人率领农民军出现在湘鄂战场。他们和驻守湖南的明军将领何腾蛟等合作，联兵抗击清军，挫败了清军的攻势。
顺治四年（1647年），清兵陷广州，攻肇庆，桂王政府辗转奔逃两广间。郝摇旗部护桂王居柳州，并出击桂林的清兵。顺治五年（1648年），郝摇旗、李过与何腾蛟、瞿式耜的军队，连续大败清兵于岳州、全州，收复了衡阳、长沙等地。这时，在广东、四川等地的农民军也起来响应。已经投降了清朝的明将领，如江西金声桓和广东李成栋等人又背叛了清朝。在清军的后方，榆园军、吕梁山的起义军和关中农民军都发动广泛的攻势，曾经参加过农民起义的陕甘回民也在米喇印、丁国栋领导下举行了反清起义。于是南北呼应，势相连结，在南明时期出现了第一次抗清的高潮。
桂王政府的当权派并没有利用这种有利的形势举行反攻，而是分党分派，争权夺利。以降将李成栋为首的楚党，和由桂王亲近组成的吴党，彼此攻讦无虚日，都想援引外镇的武力来控制桂王政府。桂王政府内部的不团结，就给清军以喘息的机会，不久清军得以重新占领湖广和广西。顺治六七年间（1649—1650年），何腾蛟、瞿式耜先后在湘潭、桂林的战役中被俘不屈而死。以后李过病亡，他的儿子李来亨和郝摇旗、高必正、刘体纯等被迫率领农民军回到巴东荆襄等地，组成了夔东十三家军，独立抗击清军。反清的斗争又转入低潮。
李定国、李来亨的抗清斗争 在抗清形势再度恶化，桂王政府放弃肇庆、梧州，仓皇西奔无地容身的时候，李定国等领导的农民军又出现在反清斗争的前线。
李定国是陕西榆林县的农民，从十岁就参加了起义，在年青时代即以赛尉迟的绰号闻名于张献忠的农民军中。张献忠死后，他一直坚持抗清的战争[261]。顺治九年（1652年）以前，李定国、孙可望等已向桂王表示，愿意同南明政府联合抗清，遭到桂王政府的拒绝。后来南明政府直到走投无路，才接受孙、李的建议，在贵州安隆所投靠了农民军。顺治九年（1652年），李定国发动了大规模的反攻，他统领西南苗、瑶、壮、彝各族人民所组成的军队东出广西，下桂林，反攻湖南，南入广东，“两蹶名王，天下震动”[262]，前后败敌数十万人，得到桂王政府建立以来空前未有的大捷。同时，刘文秀出兵四川，大败吴三桂，克复了川南各州县，并与夔东十三家军取得了联系。而活动在东南沿海一带的张煌言、张名振等人率领的抗清队伍在此时也开始反攻，并接受桂王的封号，形成了第二次抗清的高潮。
就在此时，桂王政府中的官僚马吉祥等挑拨李定国和孙可望的关系，顺治十三年（1656年），孙可望发动了进攻李定国的内战，兵败后投降清朝。
清朝政府屡次诱降李定国，均被拒绝[263]。顺治十六年（1659年）正月，吴三桂攻下云南府城，桂王流奔缅甸，李定国倾其全军设伏于磨盘山，企图一举歼灭吴三桂的追兵，伏兵的全盘计划被内奸泄露，结果失败。顺治十八年（1661年），吴三桂率兵入缅，桂王被俘。次年，李定国在勐腊（今西双版纳东南地区）忧愤而死。李定国反抗民族压迫的斗争在明末的历史上留下了可歌可泣的一页。
夔东十三家农民军的处境在当时也非常艰苦。他们在荆襄、川东的群山中，“屯种山田，岁收麦种草绵，供粮食衣履”[264]但仍在李来亨、郝摇旗等的领导下，继续坚持抗清的斗争。顺治十六年（1659年），李来亨等曾由水道进攻重庆支援李定国。在李定国败死后，清朝即调动四川、湖广、陕西三省的兵力，围攻这支抗清的队伍。康熙三年（1664年），李来亨在清兵的重围下粮尽援绝，兵败殉国。史称：“来亨败没，中原无寸土一民为明者，唯郑氏（指郑成功）屯海外。”[265]
郑成功的抗清斗争及其收复台湾 当农民军在西南进行艰苦抗清斗争的时候，东南沿海一带的人民也在郑成功的领导下进行抗清活动。郑成功是郑芝龙的儿子，他们父子都在唐王政府为官，后来郑芝龙降清，郑成功则继续抗清。郑成功以厦门、金门为据点，曾先后围攻福州，攻克台州。清朝派人招降，遭到他的严词拒绝。顺治十六年（1659年），郑成功联合浙江张煌言等发动了一次大反攻，从海道溯长江，直达南京近郊，占领了镇江、芜湖等4州3府24县。他们的行动与李定国的起义军遥相呼应，使清廷大为震动。但由于战略上的错误，郑成功在南京被清兵击败。
为了建立根据地，郑成功于顺治十八年（1661年）率大军在台湾登陆，次年，赶走了窃踞台湾的荷兰殖民者，光复了台湾。郑成功在台湾设置府县，建立行政机构，招徕大陆移民，屯田垦荒，又派遣汉族“农师”向高山族人民传播先进的生产技术，加速了台湾地区社会经济的发展。
康熙十二、十三年之交（1673—1674年），原已降清的明朝将领吴三桂、耿精忠和尚之信等又先后起兵反清，这就是所谓的“三藩之乱”。吴三桂起兵云南，尚之信起兵广东，耿精忠起兵福建，郑成功子郑经也乘势攻占了泉、漳、温州等地。吴三桂等三人起兵的目的是为了与清朝分割土地，因而他们得不到广大人民的支持。三藩的叛乱不久即为清兵所平息，而郑经也退回台湾。
康熙二十二年（1683年），清朝政府大举进攻台湾，郑成功孙郑克塽战败投降，坚持了40年的反清武装斗争至此结束。
