1.恢复国会之艰难
6月12日，黎元洪迁到中南海居仁堂办公，当天就发布了第一道命令——改组内阁。原计划任命伍廷芳为国务总理，以便恢复他下台前的原状：即旧的国会、旧的总理、旧的总统，以显示他的复任的正统性。但伍廷芳早在南方政府中身居要职，根本不可能接受黎的任命，何况伍此时已身患重病，于是黎只好改派颜惠庆为国务总理，并提出一份七拼八凑的阁员名单：
外交总长 颜惠庆(兼)
内务总长 谭延闿
财政总长 董康
陆军总长 吴佩孚
海军总长 李鼎新
司法总长 王宠惠
教育总长 黄炎培
农商总长 张国淦
交通总长 高恩洪
其中，谭延闿长内务，是由张国淦推荐的，并在谭未到任前，由张兼任；黄炎培未到任前，由高恩洪兼代；吴佩孚长陆军不到任则由次长金永炎代。这个内阁基本上为黎元洪和直系军阀所满意，虽然费了一些周折，但总算很快组成，这是在黎元洪第一任上的内阁所没有的，以致吴佩孚“盛称此次任命内阁之神速”[339]。
黎元洪发布的第二道命令，是撤销民国六年(1917年)6月12日的解散国会令。在此之前，黎曾发出“真”电，宣布旧国会复会，要求原参、众两院议员“刻期入都，继续行使职权”[340]。随即由北京政府拨款20万元，作为议员入京旅费，并宣布旧国会于8月1日复会。
奉、皖两系军阀对直系一手扶植起来的黎大总统表示了妥协态度。西南各省军阀虽倡言“联省自治”，但也不反对黎元洪复任总统。广东省议会及各团体也有通电赞成统一之表示，并且在电报中直接称呼黎为总统。如此看来，好像黎元洪受到各方面的支持，北京政府已经趋于稳定，但这完全是表面现象，实则形势极为严峻。
首先遇到的是南北统一问题。南方以孙中山为首的护法军政府坚决否认1917年6月国会解散以后的北京政府为合法。就在黎元洪发表“鱼”电的同一天，孙中山发表对外宣言，声明广东军政府为“中国事实上、法律上唯一政府”，要求各国“重申不干涉中国内政之宣言”，“假使列强现承认北京之伪新总统(按：指复位后的黎元洪)，则其行动仍为干涉中国内政，其结果将更劣于承认徐世昌也”[341]。护法团体全国各界联合会也通告各国驻华公使，声明“孙中山博士为中华民国之唯一大总统，伍廷芳博士为中华民国之唯一外交部长，凡国际交涉，应由孙大总统及伍外交部长负责，方为有效”[342]。6月8日，广州非常国会开会，作出决议：(1)咨请政府宣布黎元洪解散国会、徐世昌窃踞北京大总统毁法乱国之罪，并请明令拿办，明正典刑，以张国法；(2)通电宣布黎元洪罪状[343]。9日，广州非常国会主席林森宣布黎元洪罪状为：“(1)毁法，解散国会；(2)叛国，徇张勋请，将民国大权献宣统；(3)辱国，临难逃入日使馆，失总统资格”，否认其复职[344]。10日，广州政府又通电各国，声明北京现无政府，所有全国交涉，应由广州办理。
当时，不仅黎元洪复位遭到南方反对，就是旧国会的复会也遭到南方反对。因为旧国会有“民六国会”与“民八国会”之别：直系军阀支持的吴景濂、王家襄等人在天津召集的是民国六年(1917年)被北京政府解散的国会，简称为“民六国会”；孙中山在广州召集非常国会时，许多议员未到，不足法定人数，遂于民国八年(1919年)将不到会议员除名，由各省候选人递补，这个国会简称为“民八国会”。早在是年5月17日和22日，“民八议员”就曾两次通电反对恢复“民六国会”。6月3日，非常国会又发表通电，主张继续民国八年国会，否认吴景濂、王家襄等人在天津筹备召集的民国六年国会。“民八议员”认为：“民六国会”已被解散，在法律上已无效，而国会在广州集会系法律所允许，一部分议员已无任何职权可复，何况这些人中还有曾任安福国会议员者、曾任伪政府官吏者，哪里还有脸面侈谈什么法统!唯有继续“民八国会”才有法统可言。两会争执不下，最后由北京政府设置一个专门机构，将民八议员予以政治性的安插，争议才暂告一段落。
黎元洪在复位之初，张国淦即向他建议：“此时应当先谋南北合作。历来言统一而不能实现者，大半人的问题”，应“以南方重要人物参加北阁，南北一堂，以谋统一”[345]。对这一计策不仅黎元洪心领神会，而且也与直系军阀不谋而合，吴佩孚正想通过吸收南方人物入阁，以瓦解护法政府，实现全国统一。当时，颜内阁得以成立，就是因为与直系军阀有其共识的结果。所以，黎复任之初，立即下令撤销对孙中山的通缉令，并电邀孙中山入京筹商国事；颜内阁成立后，黎元洪和内阁一些成员还分别发电欢迎伍廷芳北上重新组阁，并电邀唐绍仪、陈炯明、岑春煊、谭延闿等来京共商大计。但作为直系军阀“灵魂”的吴佩孚则是在要求孙中山下野的前提下，同时分别电请孙中山、伍廷芳、李烈钧等人北上共谋国是。在吴的推动下，直系军阀发出要求孙中山下野和欢迎南方重要人物北上的鼓噪，目的是想造成“全国统一”的气氛。与此相配合，黎元洪于6月15日下令全国停战。但是，这些虚伪的表示，均被南方所拒绝，而被邀请的人士亦无一北上。其中，谭延闿于6月15日明确表示不就任内务总长一职；16日，黄炎培亦表示不就教育总长职。这两封电报都直接发给内阁总理颜惠庆，对黎的总统地位似不承认。伍廷芳对黎元洪的邀请电不仅不直接予以答复，反而在6月20日发表通电，认为黎复职没有法律根据。已被黎元洪任命为参谋总长的李烈钧，态度更为强硬，竟在一个联名通电中，责骂黎元洪“叛国”，并说黎和旧国会都是直系军阀的傀儡。结果，黎元洪拉拢西南人物加入内阁的计划宣告失败。
至于黎元洪发布的全国停战令，根本就无人理睬。孙中山在黎发出“废督裁兵”通电的同一天，发表了《工兵计划宣言》：呼吁全国实行裁兵，全国兵额不得超过30万人；要求直系军队裁减半数，由北京政府改为工兵。这比黎元洪提出的“废督裁兵”更进了一步。孙中山表示：如直系能履行此项条件，则“本大总统立饬全国罢兵，恢复和平”[346]。同时，他还对外国记者发表谈话说：吴佩孚致力于恢复旧国会，又向南方谋求妥协，“惟彼之真意，既未之明，自不能应之”[347]，意即北伐不能终止。而且，在北方，奉、直两军也不时发生战事。黎的停战令与过去北京政府发布的这类命令一样，只不过是一纸空文。
南方对待黎元洪的态度如此，即使在北方，黎的处境也不妙。
黎元洪入京复职的第二天，即6月12日，接到曹锟自保定发来的一封贺电，谓：“法统初复，人心望治，钧座入都，暂行大总统职权，实为国家之福。锟夙钦盛德，更仰新猷，本拟赴都躬申觐贺，复以疆圻任重，未敢远离职守，谨托副使吴佩孚代表晋谒崇阶，借摅忱悃。”[348]这封电报的真意，乃是告诫黎元洪只是“暂行大总统职权”，使黎上台伊始就处于异常尴尬的局面。
直系军阀欲控制黎元洪及其北京政府，却又不给予实际的支持。比如，吴佩孚已被任命为陆军总长，但内阁成立后他并不来京就职，即黎元洪恳请他在洛阳“遥领”，亦遭拒绝，再加上南方几位阁员也不肯就职，使颜惠庆主持下的内阁几无法履行政府职能。
6月13日，吴佩孚亲自来京祝贺黎之复职，并在黎住的八角亭上与他密谈了一小时，提出总统府应与洛阳方面(时吴佩孚以直鲁豫巡阅副使名义驻节洛阳)“密切联系，府方可用彼处一人为秘书长”[349]，并推荐自己的秘书孙丹林代替原任总统秘书长饶汉祥。吴的目的是派自己的亲信监视黎，使其不再有类似“鱼”电的主张发表，以便随时掌握北京政府的内部动向。黎元洪当面不便驳回，只得应允。但事后黎的幕僚群起反对，认为“吴不当干涉秘书长，且孙进府，则府中秘密无不泄露于洛方，尤为可虑”[350]。于是，黎仍以饶汉祥为总统府秘书长。然而，孙丹林因此大愤，欲登车回洛阳告状，为交通总长高恩洪劝阻，经与国务总理颜惠庆商议，任孙为内务部次长，才免别生枝节。此后，孙丹林常以吴大帅的威风吓人，从此各方面不断发生问题了[351]。
