内战
在一开始，光武帝不过是群雄纷争的战场上的一个皇位争夺者。先后有11人宣称有九五之尊的权利，这还不算独霸一方的大军阀。[75]光武帝是其中最能干和最幸运的人，得力于他的敌人不愿联合起来反对他的情绪。
到公元25年末，光武帝控制了大平原的北部，已经侵入西北，并在11月5日接受洛阳的投降。11月27日，他进洛阳城，在那里建立他的首都。[76]他无疑地已从王莽和更始帝的下场中得到教训，认为在内战时期应避开长安。另一个动机一定是，洛阳可以更方便地从大平原的关键经济区得到供应。[77]在以后几年，光武帝稳步而有信心地把他的领地向四面八方扩大。
长期以来已是中国最令人生畏的军事力量的赤眉军在此期间正在走下坡路。到公元26年3月初期，他们已经耗尽长安的一切供应，被迫恢复他们的流窜生活。他们劫掠和部分地焚毁了此城，挖盗皇帝陵寝，然后往西进入人烟稀少和地形险阻的渭水上游之北的地区。很可能赤眉军的这一行动纯粹是出于对当地情况的无知。被艰苦的环境削弱后，他们被军阀隗嚣所败，然后又大批死于早寒和暴风雪。他们折回并在10月再次占领了已受打击的长安。他们于公元27年1月离城，试图再夺取大平原。当赤眉军越关而过时，他们发现光武帝的占优势的军队严阵以待，于是在两天后，即在3月15日俯首投降。[78]
等待光武帝的是漫长和令人厌倦的战争的几年。他刚征服不久的北部平原成了新起义的场所，这些起义直到公元29年才被镇压下去。南部平原和山东半岛经过了从公元26年至30年的历次征战才臣服。对皇帝的故乡南阳郡的争夺甚为激烈，汉水下游在公元29年才平定下来。长江之南各地的官员称光武帝为天子，以此来承认这些胜利。[79]隗嚣在那里顽强地领导分裂主义运动的甘肃东部抵抗的时间甚至更长。为了对付隗嚣，光武帝在公元29年亲自与盘踞在河西走廊的另一个军阀窦融结盟。[80]战斗持续到公元34年，这时西北才终于被平定下来。
光武帝的最危险的潜在对手是出身于西北望族的公孙述。[81]他曾在王莽手下任四川一个郡的郡守，在公元24年自称蜀王。公元25年5月或6月，他也登极称帝。他所辖的领地从北面的秦岭山脉到南面的长江，从西面与西藏交界的地带到东面长江三峡以下。外界几乎无法进入，首府是位于一个富饶地区的成都。这块领土在历史上一直以其分裂主义情绪闻名。但公孙述只控制了7％的总人口，这也许是他在内战中袖手旁观到时机已逝的一个原因。正如他的一个顾问所建议的那样，当光武帝陷于其他战线不能自拔时，他本应发起进攻。他失去了这个机会。就光武帝而言，他小心翼翼地避免与他的对手为敌，并且在通信中甚至对公孙述以帝相称。[82]只是在公元34年光武帝已征服了中国的其余部分时，他才准备同他最后一个对手较量。
公孙述的军队在三峡下游架一座横贯长江并有军事塔楼的浮桥，浮桥与长江两岸的要塞相连。公元35年4月或5月，汉的水师发起进攻，并借东风之助逆流而上驶向浮桥。浮桥被火炬点燃，迅速着火倒坍。[83]汉军这时可以通过水陆两路侵人公孙述的领地。由于巨大的地形障碍，远征必然是艰难和缓慢的。汉军直到公元36年12月才抵达成都，当时他们只有一个星期的给养。当公孙述在12月24日出击时，指挥将领几乎要放弃战斗和准备撤退。公孙述在交战时受伤，当晚死去。成都在次日投降，[84]这就使光武帝成了全中国的主宰。
这场内战是用刀、枪、弓弩和宣传进行的。当时流行的一般心理学手法被用来争取民众的支持，这些手法有预言、图谶、五德始终论和押韵的讽刺文。公孙述曾大胆地承认王莽就是以土德当运的一个合法的皇帝。他自己则依次应在五行中的金德当运下进行统治，这意味着他应该用白色。[85]金与罗盘中的西方有关，而公孙述的帝国正位于中国西部。这种合乎他心意的五行始终论排列否认光武帝称帝的权利，并给他贴上了骗子的标签。担心这种宣传的光武帝别无其他选择，只能宣称火德未被代替；它只是暂时衰落，随即会重新取得力量。因此，五行中的下一行尚未来临，所以王莽和公孙述是篡位者。
此外，光武帝和公孙述互相以预言攻击对方，都设法证明他们身受天命。甚至发生了同一预言为对立的双方所用的情况。公孙述断言他梦见一人对他说：“八厶子系，十二为期。”十二之数指的是前汉12个君主（包括吕后），因此根据这个启示，汉朝的气数已尽，而公孙述注定要代替汉朝。后来，光武帝的宣传家们重新解释了这个预言。他们注意到公孙述在他统治的第12年遭到攻击，于是转用这个预言反对他：“八厶子系，十二（年）为期。”[86]
强烈的地方主义是整个这场内战的典型特征；光武帝的胜利在某种意义上说是他家乡南阳郡的胜利。通过他，来自南阳的人在以后很长的一段时期中取得并保持显赫的地位。这个动乱年代中的另一个特征是缺乏革命目标，没有证据能说明，斗争的任何一方被革命的目标所推动，或者任何领袖设法推翻由帝皇统治的公认的制度。当赤眉军在中国流窜以及头目们与南阳绅士在更始帝治下对抗时，所反映的并不是一场阶级斗争。不论他们的背景如何，他们都接受现存的社会和政治秩序。他们只是为争夺这个秩序中的统治权而进行斗争。
