孙科与“制宪国大”、“行宪国大”
政协会议后，国民党内反共强硬派掀起了反对政协会议的强大声浪。一九四六年三月，在国民党六届二中全会上，反共强硬派全面攻击政协决议，尤其集中攻击政协会议通过的宪草修改原则。苗培成、张强等在六届二中全会上提出方案，指责政协决议宪草修改原则“多不脱欧美宪法之窠臼”，“有违总理三民主义五权宪法之遗教精神”，提议六届二中全会对政协会议宪草修改原则“不予通过”。[55]在反对声浪一边倒的形势下，孙科等遭到国民党内部的严厉指责和诘难。一九四六年四月一日，蒋介石在国民参政会第四届第二次大会上发表“政治报告”，在谈到宪法草案时，从原先的立场后退，竟声称若依原先协议的宪草原则，“乃不是和来而是混乱，不是统一而是分裂”。蒋介石还表示，“如政治协商会议，果真成为这样一个性质的会议，我们政府与人民是决不能承认的”。[56]
蒋介石的出尔反尔引致中共方面的强烈批评。一九四六年四月四日，周恩来对中外记者发表谈话，反驳蒋介石对中共的指责，揭露国民党方面意欲全面推翻政协协议。[57]四月六日，延安《解放日报》发表社论《驳蒋介石》，指称蒋介石为法西斯反动派。[58]这篇社论发表后，国民党内的反共强硬派再度掀起反共声浪，尽管此时孙科仍主张政治解决为先，但在《解放日报》社论发表后，他也认为“和平已没有了”。[59]
一九四六年六月，国共内战爆发，孙科作为国民党上层集团重要成员之一，事实上已面临抉择，或者公开支持蒋介石的反共方针，或者继续扮演国民党内开明派的角色。孙科一向主张在国民党领导下，用和平方法解决国共纷争，但在反共空气弥漫的国民党内，这种立场已无活动空间。孙科选择了与蒋介石站在一边的政治立场。一九四六年下半年后，孙科停止了“和平”声调，全力支持蒋介石，尤其是在国大召开的问题上。
召开国大，原是政协会议各方一致达成的协议。政协会议后，国民党方面出尔反尔提出与原决议有违的新建议，遭到中共方面的强烈谴责。为抗议国民党军进攻张家口，一九四六年九月十六日，周恩来从南京前往上海。九月三十日，周恩来等致函孙科，拒绝提出参加国民政府的中共人选，并明确反对召开国民大会。孙科一再函促周恩来返回南京会谈。[60]中共方面为了尽力维持国内和平，作出让步。十月二十一日，周恩来自沪返回南京，继续与国民党方面展开谈判，但中共坚持反对召开“一党专政”的国民大会。一九四六年十月十一日，国民党军队占领了中共在北方的重要城市张家口。蒋介石以为胜券在握，遂不顾中共与民主同盟的强烈反对，于十一月十五日在南京召开“制宪国大”。
孙科在“制宪国大”上扮演了一个颇为活跃的角色，他与蒋介石、于右任、曾琦等四十八人名列大会主席团。一九四六年十二月二十五日，会议通过了《中华民国宪法》，孙科因长期主持宪草制订与修改，政治行情上涨。一九四七年三月一日，孙科出任官办组织——“宪政实施委员会”会长。四月十七日，孙科出任改组后的国民政府副主席兼立法院院长。至此，孙科与蒋介石完全合流。
为了洗刷以往个人形象的“进步”和“左”倾色彩，六月至十一月，孙科频频发表公开谈话，表达对苏联、美国对华政策的不满。六月二十九日，孙科对美国合众国际社记者发表谈话，指责苏联支持东北的中共军队，阻拦国民党军队进入旅顺、大连、声称苏联行动已违反一九四五年签订的《中苏友好同盟条约》。八月二十八日，孙科又发表谈话，认为日本对中国的威胁已因日本战败而告解除，代之而起者为苏联。十一月十五日，孙科对美联社记者发表谈话，批评美国仅以三亿美元援华，不及援欧数额的百分之五，“实无济于事！”[61]
孙蒋合流，在政治上互相支持和配合，在一九四八年三月“行宪国大”围绕副总统竞选一事上达到高潮。一九四八年三月二十九日，“行宪国大”在南京开幕，从四月二十三日开始，国民大会进入选举副总统的阶段。参加竞选副总统的国民党方面有李宗仁、程潜、于右任等，党外则有莫德惠、徐傅霖等。在参选人中，李宗仁是最重要的人选。李宗仁得到驻华大使司徒雷登的支持，早在一年前即有意角逐此位，但是蒋介石却不属意于李宗仁。长期以来，蒋介石与李宗仁、白崇禧为首的桂系集团存在尖锐的矛盾。一九四七年后，美国对李宗仁的兴趣大增，这一切都引致蒋介石对李宗仁的防范与限制。蒋介石宁愿选择文人出身、势力较弱的孙做自己的副手，而不愿身边有李宗仁这个咄咄逼人的军人领袖。一九四八年三月十六日，蒋介石召见孙科，鼓励并支持孙科出马竞选。孙科本无意角逐，在蒋介石承诺以全党力量支持的情况下，于一九四八年三月二十五日，宣布竞选副总统。
孙科参选给李宗仁及其桂系集团造成很大压力，尤其是孙科得到蒋介石的全力支持。一九四八年四月二十三日，得到桂系支持的南京《救国日报》刊载有关孙科的桃色新闻，一时对孙科的社会公众形象造成很大的冲击。经过一段颇为激烈的竞选拜票活动，一九四八年四月二十九日投票揭晓。经过三轮投票，李宗仁以1438票当选，孙科得1295票，仅以143票微弱之差败给李宗仁。李宗仁当选为行宪后国民政府第一届副总统。孙科在五月十七日就任行宪后第一届立法院院长。
孙科竞选副总统失败与蒋介石一意助举造成的反弹有密切联系。蒋介石为了防止李宗仁当选，调动所有手段，在迫使李宗仁退选不成后亲自干预选票流向。一九四八年四月二十三日，初选结果揭晓，李宗仁得票领先，但未超过半数。蒋介石指使贺衷寒等人为程潜助选，以图分散李宗仁的选票，而使孙科当选。四月二十四日第二次选举，李宗仁仍居领先地位，蒋介石又出面让程潜放弃竞选，并下令国民党籍代表支持孙科。在第三次选举时，蒋介石更是周密安排，由蒋经国亲自部署助选，但终究事与愿违，陈立夫已不能控制党员代表。蒋介石的上述行为在国民党内和社会上造成强烈震动，对孙科当选客观上帮了倒忙。
孙科一向自恃为孙中山之子，举止骄傲，与具有平民色彩的李宗仁形成鲜明反差，在竞选期间，拉票活动又远逊于李宗仁，此也是造成落选的原因。
孙科虽然未能当选副总统，但行宪国大竞选一事将孙科与蒋介石的关系进一步拉紧。在国民党统治危机日益严重的形势下，孙科选择了与蒋介石继续合作的道路，尽管在一九四八年后国民党政权的前任已岌岌可危。
