风雨飘摇中的孙科内阁
一九四八年十一月至十二月，国内局势发生重大转折，国民党军队主力经辽沈、淮海、平津三大战役已损失大半，国民党在内战中的败局已定，其统治已全面动摇。为了挽救濒于灭亡的危机，蒋介石在各方的压力下，被迫准备下野，并放出与中共和谈的试探气球，但仍幕后操纵。此时，孙科成为蒋介石以退求进的一个棋子。蒋介石一心拉孙“挽救危亡”。孙科再一次被蒋介石推向前台。一九四八年十二月二十三日，孙科被任命为行政院院长，孙科内阁在风雨飘摇中成立。
孙科内阁的成立是蒋介石在国民党内部矛盾趋于白热化，为应付形势作出的特别安排。一九四八年四月十九日，蒋介石在“行宪国大”上出任总统，为了显示“开明”形象，特延揽翁文灏组阁，由翁文灏担任行政院院长，无党派人士王云五担任行政院副院长。翁文灏内阁建立后，面对日益恶化的国民党统治危机一筹莫展。九月十七日中共军队夺取济南，十二月三日占领徐州，十二月十五日人民解放军已完成对北京的包围。与此同时，国民党政府推行的币制改革也宣告失败。在这种情形下，翁内阁已无法应付局面。此时，主张重开与中共谈判的桂系集团已成为举足轻重的力量。在各方的压力下，蒋介石被迫考虑下野，并有意让李宗仁担当起与中共“和谈”的责任，为此，蒋介石对内阁的改组也作了打算。
一九四八年十二月八日，蒋介石在南京召见国民党内“主和派”代表人物张治中，向张表示：“现在最好是组织一个能战能和的内阁”。[62]蒋介石向张治中提出他对内阁首辅的两个方案：第一，由张治中组阁，但是蒋认为张治中的“主和”色彩太浓厚，“恐怕立法院通不过”；第二，让孙科组阁，由张治中做行政院副院长兼国防部长，“这样就是一个能战能和的内阁”。[63]张治中婉拒了蒋介石的建议。蒋介石随即找孙科谈，孙科同意组阁，但要求组成“巨头内阁”，即延揽各方重要代表性人物入阁，包括张治中、张群、翁文灏、吴铁城、邵力子、陈立夫等。孙科执意拉“主和派”张治中、邵力子入阁，其主要目的也在于向中共作出“和平”姿态并希望由张、邵出面，代表国民党与中共方面议和。
从一九四八年十二月二十三日至一九四九年三月十一日，孙科内阁仅维持六十八天。面对国民党兵败如山倒、内部四分五裂的局面，孙科试图振作，但终究无力回天。
孙科出任行政院长后，为挽救濒临灭亡的国民党政权，不断呼吁与中共议和，争取实现“光荣的和平”。一九四九年一月一日，孙科发表广播演说，提出愿与中共进行和平谈判的建议，并表示新内阁将以实现和平、解除人民痛苦、改良征兵征粮、稳定物价为施政首要目标。与此同时，美国驻华大使司徒雷登也向孙科表示他个人的意见，主张国民党应尽早与中共和谈。司徒雷登大使表示，美国政府将对中国内战继续持中立态度。[64]一月十九日，行政院会议决定，与中共在无条件下签订停战条约。一月二十二日，孙科主持行政院院会，决定派邵力子等组成代表团“与中共和谈”。二月六日，孙科在广州举行记者招待会，强调继续进行和平努力，政府换地办公绝非放弃和平。对于国民党方面的求和姿态，中共以毛泽东一月十四日提出的和平谈判八项条件作为回答。由于孙科对“八项条件”极为抵触，他对与中共重开和谈能否取得成果并没抱太大的希望。相反，他寄希望于美、英、法调停中国内战。一九四九年初，秒科通过驻苏大使傅秉常向苏联政府正式提出请苏联出面调停中国内战。遭到苏方的拒绝。美、英、法政府也对国民党政府的请求予以拒绝。争取议和及盼请列强调停既不成，孙科对国民党政权的前途已近绝望。
就在孙科已萌退意时，他在一九四九年二月初做出了一件惊人之举——孙科内阁不经代总统李宗仁的同意，竟私自迁往广州，二月五日正式开始办公，造成府院分离的局面。一九四九年一月，李宗仁代行总统职务后，事事受到退居幕后的蒋介石的掣肘。孙科因“制宪国大”竞选副总统受挫，与李宗仁积怨较深，故而在许多重大问题上有意与李宗仁作对，而与退隐溪口的蒋介石遥相响应。孙科上任行政院院长后曾赴奉化，与蒋介石面谈，十二月二十九日，遵蒋介石命任陈诚为台湾政府主席，为国民党败逃台湾预备部署。李宗仁就任代总统后，孙科滞沪不返，使李宗仁的政令无从执行。一九四九年一月二十七日，代总统李宗仁致电毛泽东，表示愿意接受中共“八项条件”为和谈的基础。孙科称李宗仁此举未经国民党中常会和行政院讨论，表示坚决反对，谓之“城下之盟”，遂有孙科率政府机关南迁广州之举。
在国民党政权行将崩溃的形势下，孙科心劳力拙，毫无建树。在李宗仁一再邀促下，二月二十八日孙科自广州返回南京，但对一片混乱的局面，一筹莫展。政府的全部工作“只是忙着印钞票以期供应军队”，至于钞票印多少，在哪里印，孙科也一无所知。[65]与此同时，李宗仁控制下的立法院、监察院就孙科私将行政院迁广州之事向孙科发起进攻，指责孙为“和平之障碍”，“民国以来最恶劣无能之内阁”。孙科面对内外交困的形势自知已无力再承担内阁首辅之责，于一九四九年三月八日向李宗仁提出辞呈，三月十一日正式向外公布。孙科内阁维持不及三个月即倒台。孙科的此次下台，乃势之所然，国民党政权大厦将倾，非任何人所能挽救，在当时的形势下，再熟练的官僚也无法使国民党政权起死回生。
孙科辞去行政院院长后，在三月十六日曾去奉化晤蒋介石一面，随即赴广州，五月移居香港对外称“就医”。七月十六日，蒋介石飞抵广州，召开国民党非常委员会成立会议，孙科返回广州开会，名列委员名单，会后仍返香港。一年后，孙科自香港转赴法国。从此结束了他近三十年的政治生涯，开始了海外流亡的岁月。
