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就在伪稿案没有侦破之时，又发生了马朝柱反清案，这是对皇帝信心的另一次重击。
乾隆十七年四月十八日，两江总督尹继善向皇帝密奏，地方官在追查伪稿案时，在湖北东北的大别山区发现了一起聚众谋反事件。据侦查，有个叫马朝柱的中年人，自称有法术，在深山中以烧炭为名，纠集众人，意图不法。他还刻了一个大印，内有“统掌山河，普安社稷，即受天命，福禄永昌”字样，不轨之心灼然可见。
案件上报之后，乾隆十分重视。整个心思都沉浸在伪稿案中的皇帝第一个反应是怀疑马朝柱就是制造伪稿之人，因此严命地方官迅速进剿。马朝柱只身逃往四川，只拿获了马的母亲、妻子和侄子。审讯之下，发现马朝柱与伪稿案无关，不过此人的威胁并不在伪稿之下。
马朝柱，安徽霍山人，自幼胸怀大志。自乾隆十二年（1747年）起，他就与霍山白云庵的正修和尚商量“起大事”、当皇帝。他效仿历代起义首领，对众人宣称自己十六岁时，曾梦到神仙降临，指点他到某处拜了名师，学得了一身法术，可以撒豆成兵，剪纸为马。他还宣传说，“西洋出有幼主，名朱洪锦，系明后裔，有大学士张锡玉，大将吴乘云，系吴三桂子孙，李荣爵即李开化等，统兵三万七千为辅”，说自己已经被任命为军师，如果大家跟随自己造反，将来都有高官可做。
这些说法让许多人半信半疑。为了吸引徒众，马朝柱想出了许多计策。乾隆十四年（1749年）十月，他制造了一柄造型奇特的铜剑，悄悄把它藏到楼子石的一个山洞里，然后对众宣称自己梦到神仙赐了自己神剑，并且带众人在山洞里找到了这把剑。乾隆十五年（1750年），他又对大家宣称，从上天处获得了一把神奇的撑天扇，用此扇“能行云雾中，三时可抵西洋。并称西洋不日起事，兴复明朝”。这些装神弄鬼的把戏十分成功，众人纷纷相信，交给他银钱，记名入伙。
当然，戏法也有玩露的时候。为了奖励手下的骨干，马朝柱派人到外地制造了许多“蟒袍”和“冠带”，分赐自己手下的“官员”，说是西洋之主从空中降下来的。这些“官员”兴冲冲领了“蟒袍”回去仔细一看，发现分明是戏班里唱戏用的，有的上面还写着裁缝和戏班的名字。这一失误让马朝柱的努力几乎破产。为了挽回影响，马朝柱又宣称西洋主从云雾中传来诏书，下降到武汉黄鹤楼。他派人去武汉，果然从黄鹤楼里取出了百余道诏书，大讲起义后的光辉前景，再次封了大批“官员”，稳住了人心。
经过苦心经营，马朝柱在各地发展了大量信徒。他又在各地“散札招军、囤粮制械”，操练刀枪。并且已经派员联络安徽霍山、太湖、桐城、亳州（今亳州市），河南商城、开封、南阳，四川峨眉山等地的信徒，互为呼应，并设立四将军职位，分统各部，约期举义。地方官率兵入山搜捕时，查抄出军械三百余件，硝磺（制造火药的原料）数百斤；捕获起义骨干共二百余人。
马朝柱案使乾隆十分震惊。从乾隆十七年四月至十二月的九个月间，他神经一直紧绷，批阅了马案奏章五十一份，传下谕旨五十八道，洋洋洒洒数万言。如果不是因为伪稿案牵出这起反清大案，很可能一场规模巨大席卷数省的反清起义一两年后就要掀起。思想至此，乾隆不禁出了一身冷汗。
