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就在马朝柱案侦破后不久，乾隆十七年（1752年）十月，江西又查获了何亚四谋反案，紧接着十八年（1753年）正月，福建又爆发了蔡荣祖谋反案。江西上饶人何亚四，本以“耕种烧炭为生”。有一天，他挖地得藏银三百七十两，算命先生李德先因此说他命中要大贵，唆使他出资铸印信，制旗帜，造刀杖，说有天兵暗助，飞刀杀人，于是他也借托马朝柱案中的“李开化”之名，聚集当地乡民，欲图造反。福建漳州的秀才蔡荣祖与道士冯珩一起做皇帝梦，共谋起兵，立“大宁国”，因事机不密而被破获。这两起案件虽然都被及时侦破，但习惯于危机思维的皇帝却再也不能安枕。如何防范农民起义，成了他政治思维的新重心。
确实如乾隆自己所说，他是中国历史上最重视民生的皇帝。但是乾隆中期的社会问题却已经不是几条民生措施所能解决的。人口压力导致社会动荡逐渐加剧，底层社会风声鹤唳，除了抗租抗税斗争之外，民间宗教和结社活动也大兴起来。据《清代八卦教》一书统计，乾隆二十年（1755年）以前史料仅记载了16个秘密宗教与结社的活动，而乾隆二十一年（1756年）以后则多达199种。乾隆二十年以后，民间宗教和结社组织活动频繁，新教派组织不断涌现，秘密宗教和会党，可谓五花八门，名目之多超过以往任何一个朝代。什么闻香教、无为教、弘封教、大乘教、善友会、弘阳教、清净门、白阳教、白羊教、归一教、金幢教、黄天教……林林总总，数不胜数。各省关于教案的汇报不断传来，让皇帝头痛不已。
因此，进入中期之后的乾隆对社会的控制越来越高压化。对民间宗教和结社，乾隆打击起来更是不遗余力。乾隆说：“左道惑人，最为风俗人心之害，必当严绝根株。”（《宫中档乾隆朝奏折》）乾隆十三年（1748年）他说：“务须加意查办，杜绝根株。嗣后凡有干涉烧香聚匪之处，俱当留心查察，一有访闻，即行擒捕，不可稍有怠忽。”乾隆朝以前，清代统治者对于民间宗教首领和帮会首领也采取严厉打击政策，不过仅限于处以监禁之刑。乾隆却一改前例，查出即处死。
