新疆“内向”及苏联的反扑：“第二东突”事件
然而与上述的一切相比，中国在抗战期间除抗日外，维护国权的最重要成果和随后受到的最大挑战，恐怕还是新疆的内附及随后的风波。
1942年，几乎与废除不平等条约同时，原来“有心使新疆脱离中央政府，投靠苏联”（沈志华：《中苏结盟与苏联对新疆政策的变化（1944-1950）》，《近代史研究》1999年第3期）的盛世才，眼见苏联在苏德战争初期严重失利，潜在的对苏不满爆发，有意反正“内向”，但又首鼠两端。
国民政府当机立断，出兵新疆，盛世才反悔不成，苏军悻悻而退，民国国旗遂取代“六星旗”飘扬天山南北，我国六分之一的国土，从此脱离北极熊之掌下。
盛世才脱苏内附，从中国国家权益和中华民族利益的角度讲，是中国政府重新落实新疆主权、保卫国家权益、抵制外来控制和防止外部势力分离新疆地区的重大成就。近年来我国学界对此也是有共识的（王建朗：《试论抗战后期的新疆内向：基于〈蒋介石日记〉的再探讨》，《晋阳学刊》2011年第1期）。无怪乎，当时蒋介石自豪地宣称：新疆归顺中央，是“国民政府自成立以来最大之成功”（古屋奎二：《蒋总统秘录》第13册，台北中央日报社1977年版，64页）。
尽管后来苏联一度反扑，但新疆归我的大势，终不可逆矣。
苏联对此并不甘心。1944年，苏联策动了大规模的“东土耳其斯坦（或译东突厥斯坦）人民共和国”武装起事。
当时，由苏联人装备和指挥的、拥有强大坦克、炮兵和骑兵的“东土（东突）民族军”，武器精良，训练有素，从中苏边境附近的“三区”（伊犁、塔城、阿勒泰），向新疆内地长驱推进，汉族居民遭到野蛮屠杀。
中国军队就像抗战时面对优势日军那样，英勇抵抗，牺牲惨重。而所谓“东土耳其斯坦人民共和国”（如今国际史学界多把它称为继晚清阿古柏初立“东突”之后的“第二东突”），则在控制区建立了反华排汉的政权体系，确立了国旗国徽，发行了货币、邮票。
到1946年，东土民族军一直打到迪化（今乌鲁木齐）西郊的玛纳斯河，眼看新疆就要成为苏联的囊中之物，成为它在中亚的又一个“加盟共和国”。但是后来新中国取代了南京政府，对苏联采取“一面倒”的同盟政策，成为“兄弟党”领导的“兄弟国家”，苏联也就改变了对新疆的政策，1949年，“东土民族军”的领导班子在乘苏联飞机赴北京谈判时，在蒙古境内坠机，全部遇难，余下负责人率部与入疆解放军“会师”后，改编成驻疆中国人民解放军第5军，新疆问题遂告解决。
因此国内外不少论者都认为，是1949年革命使中国保住了新疆，而此前的中华民国是很难保住新疆主权的。这种观点有一定道理，因为苏联对于1949年以前和以后的两个政权态度确实不同，对新疆政策因此也有改变。
但实际上这一改变最重要的“拐点”，并不在1949年。早在1946年东土民族军以席卷之势打到玛纳斯河时，苏联就让它收缰刹车，转而与国民党新疆政府和谈了。
关键在于，“东土革命”是联共（布）当地民族组织（即苏联在当地民族中发展的共产主义者）和当地穆斯林民族主义－泛突厥主义-伊斯兰力量联盟的产物。“革命”期间，苏联发现前者并不能有把握操控后者。一旦穆斯林民族主义－泛突厥主义和伊斯兰倾向严重起来，则苏联不但没把握消化这个“东土耳其斯坦人民共和国”，甚至“东土”的穆斯林－泛突厥主义还会对苏联中亚各共和国旧有的同类势力造成激励、形成呼应，导致苏联对中亚的控制都可能出问题。
苟如此，对苏联来说那就弄巧成拙、搬起石头砸自己脚了。所以苏联在1946年前就改变主意，不再追求打下全疆实现“东土独立建国”，而是宁可承认中国对新疆的主权，要求“民族军”以既成事实为筹码，与中国政府讨价还价，组织名义上属于中国但高度“自治”（类似盛世才时代）并能最大程度地保障苏联在新疆既得利益的“联合政府”。
“东土革命”就这样成了“三区革命”，并且于次年与张治中为首的中国新疆当局谈判成功，达成协议，成立了以南京政府代表为首、亲莫斯科与亲南京的两派少数民族代表参加的中国新疆省联合政府。
