1960年代新疆问题的最后解决
1950年解放军入疆后，继承的就是这样的局面。不同的是，代表中国中央政府的已经从国民党人变成了共产党人，而“三区革命”势力由于在空难中失去了主要领导人、其背后的苏联对新中国也比旧中国更近乎，苏联操控其挑战中国在新疆主权的动机，进一步减弱了。
但是减弱的只是“动机”，而不是苏联进行干涉的“能力”。事实上，苏联在新疆的“特殊地位”和特殊利益，在中国政权更迭之际，如果说没有更加强化，至少也没有削弱。不仅新疆的许多战略矿产在“中苏联合公司”名义下几乎就是苏联的“租界”，苏联还沿袭盛世才的旧制，在新疆设有乌鲁木齐、喀什、伊犁、塔城、阿勒泰5个领事馆，一个国家在别国的一个省级行政区设那么多的领事馆，在全世界也没有二例。
这5个领事馆，通过遍布全疆的“苏侨协会”，领导着二十多万“苏侨”，并且还在极力发展新“侨民”。这些苏侨由于积极参加“三区革命”，很多都积累了政治资本，在1949年以后一段时间的新疆党政军干部队伍中，他们占有与其人数不相称的大比例，不仅高于少数民族，也高于汉族。
尤其在“三区革命”的“老解放区”（即伊犁、塔城、阿勒泰），地方党政军文教队伍中大量都是“苏联的人”，以至于在“伊塔事件”以前，这些地区的学校大都用的是苏联教材。
更有甚者，1949年后的一段时间，由“民族军”易帜而来的解放军第5军，仍是在疆中国人民解放军中实力最强的，这支军队的军长伊万诺维奇·列斯肯，是苏军中将，苏共党员，白俄罗斯族，主要师团主官，也都有苏联国籍（后来是双重国籍），党籍也是易帜后才由苏共转为中共的（一些人可能还是“双重党籍”）。
尽管易帜后，中共派去了来自解放军入疆部队的汉族政委，但是“改编民族军”可不像改编国民党“起义部队”，那是要看“苏联老大哥”的眼色的。直到1953年列斯肯调回苏联，1954年第5军被撤销番号，改为农垦部队，“苏联军官领导中国新疆驻军精锐”的问题，才基本解决。但是“民族军”的一些有苏联背景的将领，如马尔果夫·伊斯哈科夫、祖农太也夫等仍在新疆军区任高官。
在这样的背景下，要说中国在新疆的主权不受影响，怎么可能？
事实上，当1949－1950年毛泽东代表中国率团访苏时，就有一个平行的“新疆代表团”也在苏联访问，“苏新双方”还在谈判一系列“协议”，后来虽经毛泽东坚持关于新疆的主要条约必须由中国中央政府与苏联签订，但一些“次要的”（如文化方面的）协议，还是“苏新双方”签署的！（沈志华：《中苏结盟与苏联对新疆政策的变化（1944-1950）》，《近代史研究》1999年第3期）
此后，由于朝鲜战争中中国为苏联和“阵营”出了大力，付了血本，换得了斯大林的信任。更重要的是，由于1953年斯大林这个强人去世，苏联新领导为稳定权力要借重中国，中国也就得以借机要求苏联收缩对中国内政，尤其是对新疆、东北事务的影响。
通过遣返苏侨、动员苏侨干部“退籍”（即退出苏联国籍加入中国国籍，或放弃中苏双重国籍保留中国国籍）、撤销中苏联合公司、撤销解放军第5军（原民族军）现役编制、礼送列斯肯等苏籍将领回国、渐次关闭各地苏联领事馆等措施，使得苏联在新疆的势力收缩、影响减少。
但直到1962年伊塔事件以前，苏联在新疆，尤其是在“三区”的势力，仍然存在。如到1960年，全疆仍有登记在册的苏籍干部1047人，而伊犁州基本没有登记，但到1962年该州却报告有苏籍干部1001人。伊犁州州级机关和直属县市区长以上干部中，本人是苏侨和有苏侨家庭成员的达47%，其中绥定、霍城两县科、部长级以上干部中，60%以上是苏侨。（李丹慧：《新疆苏联侨民问题的历史考察》，《历史研究》2003年第3期）说实话，甚至在“苏联傀儡”盛世才的时代，都看不到这种大量苏联公民在中国当官的现象。
直到伊塔事件以后，苏籍与亲苏人员基本都逃归苏联，新疆很多地区不但政治格局大变，有的地县连居民结构都变了，苏籍本地民族居民大量离去后，汉族居民以生产建设兵团形式进驻，实行“三代（代耕其地、代牧其畜、代管其事），成为当地居民中的多数，加上苏联领事馆被关闭，苏侨协会被取缔，苏联对新疆事务的影响，才算基本消除，中国主权至此得到了完全的保障。
因此宏观地看，可以说从1942年盛世才摆脱苏联控制归附中央政府，直到1962年伊塔事件后苏联在疆势力基本退出，中国主权在新疆与苏俄控制新疆的企图，斗争了二十多年，最终取得了胜利。我们不能因为1949年前后中国政府的政治属性不同，就割断这段历史。
事实上，这二十多年中国主权取得的最大突破，是三大事件：1942年盛世才回归，1946-1947年苏联放弃“东土”，承认新疆属中国，全疆性质的中国新疆联合政府成立，以及1962年伊塔事件后苏联势力的清除。
