一 贺珍、孙守法围攻西安
顺治二年正月十八日，清军进入西安，清帝福临令英亲王阿济格留陕继续镇压和追击大顺军，豫亲王多铎率大军南下，剿灭南明朱由崧弘光政权。五月，清军占领南京，弘光政权倾覆。清朝在军事上取得胜利的同时，恢复明王朝的统治机构，强迫推行发易服令，以“发分顺逆”，恢复旧的赋役制度。这样就使民族矛盾激化起来，清朝成为南明和各支农民起义军的共同敌人。各地农民起义军为反抗清朝暴政，放弃反明口号。南明统治集团为恢复他们的封建统治，企图借助农民军的力量，因而出现了各地农民军“联明抗清”的新局面。在南方，顺治二年八月，郝摇旗、刘体纯等率数万大顺农民军到湘阴，与南明总督何腾蛟联合，共同抗清，联合抗清军骤增至10余万。大顺军余部中人数最多的一支李过（李锦）、高一功部，号为“忠贞营”，在湘西与南明巡抚堵胤锡合作。大顺军余部与南明联合抗清，推动了全国抗清斗争的不断高涨。
在全国抗清斗争高涨的形势下，陕西也出现抗清斗争的新局面。顺治二年十二月下旬，大顺军将领贺珍联合明将孙守法围攻西安震撼了清廷。贺珍，原明汉中守将，降大顺军后被封为护军将军，顺治二年正月十三日，李自成放弃西安时，命令权将军泽侯田见秀殿后，烧毁粮食和物资，阻截清军南下追剿；又令贺珍驻守汉中，以保持陕北大顺军南撤的通道并联络西北大顺军余众。贺珍驻守汉中，与进取汉中的大西军发生冲突，贺珍打败了大西军艾能奇部，引兵进入川北，并释放大西军的俘虏。两支义军虽然发生冲突，但并不是仇敌。当李过、高一功撤离陕北时，贺珍一军尚停留在广元一带，仍然保持着这条通道的畅通。贺珍积极联络和组织未及南撤的大顺军，准备在北方重新打开局面。顺治二年三月，李过、高一功从陕北绕宝鸡、广元，进入汉中后，贺珍重任在身，没有随他们一起南下。
清军攻入陕西后，原来投降大顺政权的明朝将领，大部分反水降清。明将白广恩归顺大顺政权后，封为桃源伯，李自成撤离西安时，他在蓝田山口拉出队伍降清。在陕南的明将也纷纷投表降清。在大批明降将反叛的情况下，顺治二年三月，贺珍为了伺机东山再起，也投表伪降清朝。从三月起到十二月止，贺珍表面上已归降清朝，实际上他一直忠于大顺政权。清廷多次命令他赴西安“面议军机”，企图调虎离山，趁机改编他的军队，都被他设法拒绝了。他秘密联络分散在西北各地的大顺军余部贺弘器、李明义及抗清明将领孙守法，准备东山再起。
大顺军余部贺弘器活动在陕北一带，继续坚持抗清，积极响应贺珍。
孙守法，陕西咸阳人，明崇祯末年授陕西副总兵加都督同知。大顺军在陕时，明守将多归顺大顺军，孙守法效忠明皇室，拒绝归顺大顺政权，率众退入秦岭，对抗大顺军。清军入陕后，残明的主要敌人已不是农民军而是清军。孙守法在秦岭腹地五郎山结寨，拥明秦王的第四子称汉中王，坚决抗清。孙守法为恢复明室，便与贺珍为首的农民军结成反清联盟。
顺治二年冬，李自成已死，南明弘光政权倾覆，于是，清廷决定镇压张献忠的大西军。清廷派左翼固山额真巴颜和右翼固山额真侍卫李国翰率兵赴西安，会同驻防西安内大臣何洛会开赴四川镇压大西军。以何洛会为定西大将军，同时又以贺珍为定西前将军，企图将贺珍调离汉中，并迫使他与大西军作战，使之两败俱伤。贺珍虽与大西军多次作战，但他的真正敌人是清军，不是大西军。贺珍识破了清廷借刀杀人的伎俩，十一月初，他和孙守法在五郎山起兵，贺珍自称奉天倡义大将军，“檄召西溪凤平延庆等郡兵”，决定北出秦岭，攻取西安。贺珍率军2万，出连云栈道，围攻凤翔府城。驻防府城的汉羌前营守备陈克仁、后营游击杜梦祯响应贺珍，起兵反清。贺珍占领凤翔，孙守法也率军进入关中。关中各地的抗清义军刘文炳、郭君镇、黄金鱼、焦容、仇璜、李鹞等群起响应。于是，周至、户县、眉县、泾阳、三原、临潼、澄城、蒲城、白水、朝邑、乾县、武功等县均为抗清义军控制。武大定（原明固原副将）响应贺珍、孙守法，起兵固原，占领固原、陇州等地，杀死清总兵何世元。大顺军将领贺弘器、李明义起兵灵台，蒋登雷占领阶州，王元、马德杀死清宁夏巡抚焦安民，占领巩昌府，抗清斗争席卷陕甘两省大片地区。
十二月下旬，贺珍、孙守法、胡向化联合关中义军共7万多人围攻西安。城内市民曹俊三、王英、师可宗等密谋内应，合县举人姚霄、千总卫天明、康姬命，朝邑诸生王知礼、李世仁等各杀守令响应，就连新任的清陕西巡抚黄昌胤、泾阳县知县张锡藩也密谋反正。西安城防务空虚，城内守军仅有700余人，驻防大臣何洛会、总督孟乔芳力单不支，惊恐万分，先调山西兵500支援，结果被朝邑群众拦歼，又调榆林兵5000进援。十二月二十八日，贺珍、孙守法发动猛烈进攻，西安城危如垒卵。但就在这时，原来就计划经陕西入川剿灭张献忠的清军主力赶到，战局顿时逆转。
顺治三年（1646年）正月，清军主力李国翰部从山西进至西安，围城义军猝不及防，清军内外夹攻，贺珍、孙守法、胡向化大败，遂撤围向西退走。
二月，贺珍、孙守法、胡向化在武功濠泗桥与清军激战，失利后退入秦岭。李国翰率军东至渭南，镇压了渭北王秀才领导的抗清军。副将任珍率另部清军在蒲城、同州（今大荔）分别击败刘文炳、李遥领导的抗清军。关中抗清军分别退走陕北和陕南，清军重新控制关中。贺珍、孙守法围攻西安虽然失利，但大大牵制了清廷在东南的进军，也声援了湖北、湖南、四川等地的抗清斗争。
贺珍、孙守法、胡向化围攻西安后，清廷加强西安防守，令肃亲王豪格率领八旗劲旅镇守西安。二月下旬，调甲喇章京傅喀等率部入陕，又调顺德、潞安、平阳、蒲州四处满兵驻防西安。三月，豪格率清军抵达西安。四月，豪格等分路围剿：尚书星纳率军北赴豳州（今彬县）镇压武大定抗清军，武大定退入陕南；固山额真杜雷围剿庆阳一带石二领导的抗清军；固山额真巴颜、墨尔根侍卫李国翰等围剿延安一带抗清军；豪格亲率大军与贝勒尼堪等由栈道入陕南，镇压贺珍、孙守法。
张应元、刘文炳、贺弘器等为首的农民抗清军，借清军赴陕南围剿贺珍、孙守法之机，活动在延安南部一带。三年五月，刘文炳、康千总、郭天星等在北山一带抗击北路清军墨尔根李国翰部，七月，农民抗清军张应元、康千总等在延安战败，被清延绥巡抚王正志围困在张果老崖。十六日，张果老崖失陷，康千总牺牲。刘文炳联合郭君镇、丁仲甫、云里飞等聚众千余，在中部（今黄陵县）、宜君、店头等地抗击清军。十二月底，郭君镇、刘文炳、贺弘器等北进攻克甘肃宁州。抗清军进入州城时，纪律严明，“不杀人，不令兵入人家”，“百姓欢从”。四年正月，郭君镇、刘文炳、贺弘器等在宁州巴地坡、九龙川等处合营，共约48营，声势大振。三月二十八日，刘文炳、郭君镇等率众三千，由三水县（今旬邑）石门关出，暗渡土桥，经白村，四月二十三日在宜君方雕岭范家寺与清军激战，二十六日，刘文炳在蓝庄沟战败被俘，二十七日，郭君镇在三水县唐家山被清军射死。贺弘器退至庆阳白豹川、官马川与马德联合。八月，贺弘器、马德等抗清军在北武当山被清军镇压。
贺珍、孙守法、胡向化抗清军退入陕南以后，关中抗清斗争进入低潮，虽然还有顺治四年八月北山抗清军金老将与麟游李兴吾抗清军联合，围攻凤翔；八月十七日李养气抗清军攻打周至哑柏镇，九月初在永寿干底窑袭击清军；五年北山抗清军1000余人至合阳尖山；六年四月王永强南下蒲城；八年“南山土寇”与岐山县塘丁联合，攻克县城等斗争，但这些斗争的规模与声势远不如以前，清朝在关中的统治秩序基本稳定了。
