检查制度与宗教裁判
在这位铁般的教皇之下，出版品的检查达到它最严重的程度与范围，而宗教裁判在罗马和西班牙一样地变成一种几乎是不人道的恐怖。也许保罗四世感到检查文学作品和扑灭异端是教会不可避免的责任——对新教和天主教一样——是由上帝之子所订下的。因为如果教会是神圣的，她的敌对者一定是魔鬼的代言人，而反抗这些魔鬼的持续的战争是一个受侮辱的上帝的宗教责任。
检查制度几乎与教会一样的古老。以弗所的基督教徒，在阿波斯特勒斯（Apostles）时代，烧掉了号称价值5万片银子的“奇怪的艺术”，而以弗所的会议（150年）禁止流传那非正典的《保罗行传》（Acta Pauli）。在不同的时代里，教皇命令焚毁《犹太法典》和其他犹太人的书籍。威克利夫和以后新教徒对《圣经》的翻译受到禁止，因被认为包含有反对天主教的绪言、注解和修改。印刷术使得教会的忧虑增加以防止她的成员不被虚假的教义所腐化。拉特兰举行的第五次会议（1516年）敕令从此以后没有教会的检查和允许书籍即不准印行。世俗的权力者也对没有获得允许的出版品设了限制：如1508年威尼斯的元老院，伏姆斯的会议，查理五世和1521年弗朗西斯一世的敕令，1542年巴黎议会的禁令；并在1543年查理把教会控制出版伸张到西班牙统治的美洲大陆。第一本禁书的书目索引在1544年由沙本神学院发表；第一本意大利清单在1545年由宗教裁判所发表。
1559年保罗四世第一次刊行了教皇准许与禁止的书籍的索引，它提出了48种《圣经》的异教版本，并且把61名印刷者和出版者置于禁令之下。自从1519年以来任何天主教徒阅读的书中没有一本出版的书中没有记载著者和印刷者的名字和出版的地点及时间。而自此以后没有一本书没有获得教会的印行许可而能够被阅读。书商和学者们抱怨这些措施会妨碍或毁灭他们，但保罗坚持不改。在罗马、波隆那、那不勒斯、米兰、佛罗伦萨和威尼斯成千的书籍被焚毁——在威尼斯每天1万册。保罗死后，教会的领袖指责他采取的方法太激烈而且不加选择，特伦特会议废弃了他的索引，而发布了比较有秩序的禁令，即1564年的特里登蒂内索引（Tridentine Index）。为此索引而设立的特别会议成立于1571年来定期地修订和再发行此清单。
对检查制度的影响的判断是困难的。帕奥罗·萨尔皮（Paolo Sarpi）是位曾当过教士而反对教权者，认为索引是“从未发现的最好的秘方：使人呆痴”。它也许是导致1600年以后意大利和1700年以后西班牙知识衰落的原因之一，但是经济和政治的因素更重要。根据它的最具有男子气概的英国历史学家断定，自由思想在天主教国内比在新教国内生存得更好；《圣经》的绝对主义，由新教的神学者所推行，到1750年证明对独立研究和思辨之害甚于这索引和教会的宗教裁判。无论如何人道主义运动在天主教和新教国家中逐渐衰弱了。重视生活的文学平息了；学习希腊文和对异教经典的爱好衰退了；胜利的神学家指责意大利的人道主义者为傲慢与放荡的无神论者。
书籍的检查，到保罗四世将之委托于宗教裁判所（1555年）之后就比较松弛了。那种制度，首先建立于1217年，在文艺复兴教皇们的宽大之下，逐渐丧失其权力与声望。当最后与新教徒协调的企图在累根斯堡失败之后，而新教的教义也在意大利本身出现，甚至出现在僧侣之间，而整个城市如卢卡和摩德纳威胁着趋附新教，红衣主教乔万尼·卡拉法、罗耀拉和查理五世敦促着要恢复宗教裁判所。保罗三世屈服了（1542年），任命卡拉法和其他5位红衣主教再组该种制度，并授权他以将权力委之于基督教王国中指定之传教士。卡拉法以他习惯的严格，设立了总部和一个监狱，并为他的属下立下了规则：
1.信仰有问题时，不得延误，但对微小的疑心，严格的手段必须采取而且全速进行。
2.不需对任何诸侯或教士表现任何关切，不论其地位如何之高。
3.宁可采行极端严苛的手段来对付任何以权势来保护他们自己的人。只要他完全忏悔，才可以温文和父亲的关切去对待。
4.一个人不应对任何一种异端之容忍而降低他自己，尤其是对加尔文教徒。
保罗三世和马尔塞鲁斯二世限制了卡拉法的热心，并保留了赦免上诉权。尤里乌斯三世无意干涉，因而在他的任期之内，有几个异教徒在罗马被烧死。1550年新的宗教裁判所下命审判任何不对抗新教而布道的天主教士。当卡拉法成为教皇保罗四世时，这个组织的工作全力地进行，而在他“超人的精力”之下，红衣主教塞尔皮潘多说：“宗教裁判所获得了如此一个名声，因而不能由世界上任何其他审判席找到更恐怖和更受憎恶的判决。”裁判者之管辖范围延伸到亵渎上帝，买卖圣职，鸡奸、一夫多妻、强奸、淫媒，违反教会规律的斋戒，和许多其他的与异端无关之作为。我们再引述一位伟大的天主教历史学家的话：
这位急躁而轻信的教皇乐意听到指责，甚至最荒诞不经的……裁判官经常在教皇的催促之下，在许多事件中查出异端，然而一位平静而慎重的观察者不会发现有一点异端之迹象……忌妒者和中伤者积极地工作，想由那些反对裁判官的教会的支持者的话中找出嫌疑，加以无稽的异端分子之指责来对付他们……一个真正的恐怖统治开始了，使全罗马充满了恐惧。
在愤怒的高潮时（1557年5月31日），保罗下令捉拿乔万尼·莫罗内（Giovanni Morone）红衣主教，他是摩德纳教区的大主教，并且在6月14日命令波尔红衣主教放弃他在英格兰的使节权并返回罗马接受有关异端之审判；教皇说，红衣主教团本身也受到异端的影响。波尔受到玛丽皇后的保护，她拒绝将教皇的诏令交给波尔。莫罗内被指控签署了累根斯堡协定，并在他的管辖权之下对异教太宽大，并被控与波尔、维多利亚·科隆纳、弗拉米尼奥及其他危险分子为友，经过18天在圣安吉罗堡（Sant'Angelo）的囚犯生活，他被裁判官宣布无罪，并欲将他释放，但他拒绝离开地牢，除非保罗认为他是无罪。保罗不愿意，莫罗内继续当犯人，到保罗死后才被释放。弗拉米尼奥以濒于死亡来欺骗裁判官，但保罗说“我们已把他的兄弟切萨雷（Cesare）焚死在米纳瓦（Minerva）教堂前的广场”。以公平的意志，这位疯狂的教皇追踪他那些有异教嫌疑的亲戚。“假如我的父亲是个异教徒，”他说，“我也要找些木头来烧死他。”
幸而，保罗是会死的，经过4年的统治之后得到了他的报偿。罗马以4天疯狂的暴动来庆祝他的死亡，群众拆下他的塑像，又拖到街上，并把它丢到台伯河内，烧掉了宗教裁判所的建筑，释放了囚人，毁坏了所藏的文件。教皇可以反驳说只有他的固执的严苛和勇气才能改造罗马教会的道德和教会的浮滥，而在他那个事业中成功之处，他的前任却都是失败的。可惜的是在改造教会时，他记得托尔克马达，而忘了基督。
当1559年的会议中选出了乔万尼·安吉罗·德·美第奇（Giovanni Angelo de'Medici）为教皇庇护四世时，全西欧喘了一口气。他并不是美第奇家族的百万富翁，而是米兰一位收税员的儿子。他学习法律以维生，得到保罗三世的赞扬与信任，被任命为红衣主教，并赢得睿智与仁慈的声名。作为教皇，他避免战争，并谴责那些赞成侵略政策者。他并没有终止宗教裁判，但他让裁判官了解他们“更能使他高兴，若他们能行之以君子般的有礼而非和尚般的粗暴的话”。有个疯子认为他太宽仁而想暗杀他，但当教皇冷静而无防御地经过他的时候，他因敬畏而麻木了。庇护四世有礼而坚定地推行前任的宗教改革。他以允许德意志的大主教去供给圣餐用之面包和酒来证明他的安抚。他再度召开了特伦特会议，并引导之得到有系统的结论。在1565年他去世了。
