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双方交恶，郑芝龙一上来就吃了一记大亏。
1633年7月12日清晨，五艘荷兰快艇忽然开到厦门港。其实之前在南澳，荷兰舰队已经和明朝水师发生了交火，但这个消息还没传回厦门，郑芝龙正率“郑家军”主力在福建剿匪，大家都不知道荷兰事实上已经对明朝开战。
当时厦门港里停泊的，是郑芝龙正在打造的数十艘新式战舰（其中大部分都是模仿荷兰军舰建造的），对到来的五艘荷兰快艇完全不设防。五艘荷兰军舰一直开到郑氏舰队的中间，下锚，忽然升起了红色战旗，宣布开战。突如其来的密集炮火给还在建造中的最新式舰船带来了灭顶之灾——数十艘战舰全部被击沉。
率军突袭的荷兰舰队司令普特曼斯当天记录下了对这次偷袭成功有多满意：“有些中国船的大炮比我们快艇中任何一艘都要多……有人诚实地说，从未想过在这个国家会看到像这舰队那么漂亮壮观、雄伟巨大、武器精良的戎克船。……我们不难想象，这支舰队被毁，将使中国这个国家，尤其是郑芝龙受到何等巨大的痛苦。”
汉斯·普特曼斯，后来成为荷兰殖民台湾时期的第四任台湾长官
郑芝龙痛苦吗？当然痛苦。那些被摧毁的战舰是他谋划的未来舰队主力。
但29岁的郑芝龙之所以能成为一方枭雄，还是有原因的——他完全没有在大怒之下率军报仇，而是开始耐心地给荷兰人写信。
郑芝龙先是礼貌地询问荷兰人攻击厦门的原因，随后又开始不断地写信，称荷兰人通商的诉求明朝其实一直在考虑，是很有希望同意的，但荷兰人不能操之过急，兵戎相见。
他的信给荷兰人的整体感觉是，经此一役，明朝水师被打怕了，准备求和了。
但事实上，郑芝龙是在拖延时间。
一方面，是因为郑芝龙清楚地知道双方舰队的实力。荷兰舰队的主力战舰是都是“盖伦船”。这种拥有两层甚至多层甲板的大帆船是当时最先进的战舰之一。而且荷兰的战舰一般都配备至少10门当时被中国人称为“红衣（夷）大炮”的加农炮，一尊3000斤的红衣大炮能轻松将炮弹打出七八里远，而与之相对的明军自制铁火铳只能打到三里远——荷兰舰队完全可以在明朝水师战舰的射程之外吊打对手。
荷兰盖伦帆船“毛里求斯”号
而当时明朝水师虽然立国之后就未遭一败，但其实是在走下坡路的。与荷兰这样强大的对手相比，当时明朝水师装备的都是被称为“戎克船”的小个头战船，每艘船只能配两门炮，无论是载员数量还是火炮数量，都无法和明朝初年郑和下西洋时威武的“宝船”相提并论。
所以，郑芝龙知道在战舰质量上其实明朝水师是落下风的，要想打，只能靠数量和战术，但这需要时间。
西方人描绘的16世纪航行于亚洲海域的中国“戎克船”
另一方面，郑芝龙知道7月后是台风季，不是一个开战的好时候。
在偷袭了郑芝龙舰队后，荷兰方面向明朝发来了他们所谓的“停战条件”：在漳州河、安海、大员（台湾）、巴达维亚有自由贸易的权利；在鼓浪屿建立贸易据点；可派遣代表至中国沿海城市收购商品；船只能在福建沿海自由停泊；不准任何中国船只前往马尼拉；荷兰人在中国享有与中国人同等的法律权利。
而且，按他们之前提出的要求，明朝不能和西班牙人或葡萄牙人做生意，只能和荷兰人有生意往来。
这种盛气凌人且要求垄断的诉求，明朝是肯定不可能答应的，但是郑芝龙的回信却始终态度暧昧：不明确答应，也不明确拒绝。
1633年10月6日，秋季的最后一场大风暴降临，荷兰舰队受到了一些损失，但舰队司令普特曼斯得到一个令人欣慰的消息：郑芝龙的舰队受损更加严重，他因此被福建巡抚撤销了兵权。
而事实上，这是郑芝龙故意放给荷兰人的一个假消息，这个时候，他的舰队集结已经进入了尾声。
10月19日，普特曼斯忽然收到了来自明朝的一封战书，有别于之前模棱两可的态度，这封战书的态度非常决绝——还附有21名明朝水师将领的签名：“御枕岂容一犬蹋卧？尔等怎敢盘踞吾处？你若急盼开战，且于厦门湾这边来！”
普特曼斯不知道的是，在过去的三个月里，大明水师以郑芝龙舰队为主力，已经集结了超过150艘战舰、3万名官兵。
中国人准备动手了。
