苦海
哥伦布在巴塞罗那受到国王与女后的欢迎，在宫里住了6个月，并接受“洋海舰队总司令”这一头衔——所谓洋海，乃指亚速尔群岛以西之大西洋。他受命为新大陆总督，抑或如自己所称呼的“亚洲与印度各岛屿、大陆之副国王与总督”。由于传闻约翰二世正在装备一支舰队欲横渡大西洋，斐迪南乃请求教皇亚历山大六世划定西班牙在“洋海”里的权利。这位西班牙的教皇，在一连的敕书中（1493年），沿着亚速尔群岛与佛得角群岛以西270英里处，划条南北走的想像线，线以西所有非基督教的土地，统归西班牙，以东则尽属葡萄牙。葡萄牙人拒绝接受这一分界线，一场战争迫在眉睫。这时，双方政府终于以《托德西利亚斯条约》（Treaty of Tordesillas，1494年6月7日）同意，订约前发现的土地，该以佛得角群岛以西250里格的一条经度为界，但嗣后发现之土地，则以370里格为度（巴西东方一角落在第二界线以东之处）。教皇的敕书把这些新土地称之为“印度群岛”。学者如彼得罗·马蒂尔·丹格拉（Pietro Martire d'Anghiera）也接受哥伦布自认为已经抵达亚洲这一想法。这一幻觉直持续到麦哲伦（Magellan）环绕地球航行为止。
为了获取黄金，斐迪南与伊莎贝拉再供给哥伦布一支由17艘船所构成的新舰队。船上载有1 200名水手，将在“印度群岛”成群繁衍的动物，以及5名听受西班牙人忏悔与改变“印第安人”的牧师。第二次航行于1493年9月25日从塞维尔港出发。39天后（以与首次之70天相对比），瞭望者看到了一座岛屿，因时值礼拜天，哥伦布特命名为多米尼加（Dominica）。他们并未在那儿登陆，因为舰队司令想要追寻更大的猎物。他从小安地列斯群岛（the Lesser Antilles）最西方的列岛经过，深为岛屿的数目所吸引，于是将之命名为维尔京群岛（Once Mil Virgenes）——“一万一千处女”之意。它们现在仍称为维尔京群岛。他继续前行，结果发现了波多黎各。在那儿短暂浏览之后，再继续赶往10个月前在海地所留下的西班牙定居地，看看情形如何。结果发现几乎没有一人留下。那群欧洲人浪迹岛屿，抢夺土人的黄金与妇女。他们每人拥有5个女人，从而建立起一座赤道的天堂。他们彼此争吵、谋杀，几乎被愤怒的印第安人杀戮殆尽。
舰队沿着海地海岸向东航行。1494年1月2日，这位舰队司令再卸下人员、货物，以重建一个叫做伊莎贝拉的新殖民地。在监造一市镇与船只的修补之后，他再度航行到古巴探险。由于无法绕着古巴航行，他于是下结论说，那是亚洲大陆，抑或可能是马来半岛。他想要环绕该地并绕球航行，但船只装备不够。他再朝海地回航（1494年10月29日），心中猜想着他的新殖民地情形是否有异，结果震惊地发现，情形与从前竟无两样：西班牙人奸污了土著妇女，偷盗了土人的仓廪，同时绑架土人的男孩充当奴隶，结果招致土人的报复，杀害了许多西班牙人。传教士甚少尝试欲使印第安人皈依基督教。有位修道士曾经加入一群不满分子，开船回到西班牙，向国王与王后气馁地报道海地富裕的资源。哥伦布现在也成了一名奴隶贩子。他派出狩猎队逮捕了1 500名土人，其中400名留给移民，另外500名则遣往西班牙。后者之中有200名死在航行途中，残存者则在塞维尔一地出卖，但几年后，由于无法适应较冷的气候，抑或文明的残酷，也都相继死亡。
哥伦布留下命令给弟弟巴托洛梅（Bartolomé），要他将殖民地从伊莎贝拉迁徙到圣多明戈（现在的真理城，Ciudad Trujillo），然后向西班牙回航（1496年3月10日），经过了93天多灾多难的航行之后，抵达加的斯（Cádiz）。他把印第安人与金块呈给国王夫妇；其为数虽然不多，却改变了朝廷对于把更多的钱投入大西洋是否明智的这一疑虑。这位舰队司令不安于陆，他血液里含有海水的盐分，他乞求至少再派8艘船作另一次尝试；结果获得国王、王后的同意，而于1498年5月再度出航。
第三度的航行，先向西南开入第10经度线，然后沿此正西前进。7月31日，船员看到了虔诚的司令所命名的特里尼达岛（Trinidad）这一大岛；8月31日，再看到了南美大陆，这也许比韦斯普奇（Vespucci）早一年或晚一年。他先探勘了巴利亚湾（the Gulf of Paria），然后朝西北航行，而于8月31日抵达圣多明戈。第三回的定居者虽然留存下来，但在1496年所留下的500名西班牙人，每4人中就有一人患梅毒，而移民者中又分成濒临战争边缘的两个互相敌对的阵营。为了平息不满，哥伦布乃允许每人占有一大块土地，并将住在该地的土人，沦为奴隶。这已成了西班牙移民的惯例。哥伦布历经艰难、失望之苦与关节炎、眼疾之痛，再加上这些问题的压力，身体几乎垮掉。他的心灵时不时蒙上阴影，变得易怒、暴躁、专制、贪婪，且在惩罚上显得残酷不仁。有许多西班牙人提到过这点，并且他们也懊恼处于一个意大利人的统治之下。哥伦布认识到，管理殖民地的问题，与他自己的训练、脾气格格不入。1499年10月，他派遣两艘轻快帆船到西班牙，请求斐迪南与伊萨贝拉任命一位皇室长官帮他治理圣多明戈岛屿。
国王、王后信以为真，乃授命波巴狄拉（Francisco de Bobadilla）前往，但其权限却超过了哥伦布原先的期待，因国王夫妇授给了他甚至超过哥伦布的全权。波巴狄拉于哥伦布不在时抵达圣多明戈，并且听到关于哥伦布与其兄弟巴托洛梅、迭戈（Diego）对现在所称呼的伊斯帕尼奥拉（Hispaniola）统治方式之诸多抱怨。待哥伦布回来后，波巴狄拉即将他拘禁入狱，并且还加上手铐脚镣。这位命官作更进一步的讯问之后，即将哥伦布三兄弟套上锁链，然后押返西班牙（1500年10月1日）。哥伦布抵达加的斯后，写了一封可怜的信给朝廷里的朋友：
我建议探险印度诸地，为诸王效劳，现已十有七年。他们初则讨论，让我等了8年，终则指斥其事之荒诞不经。然无论如何，我仍坚持不舍……现在，我已在那儿把比在非洲、欧洲更多的土地，以及1 700个以上的岛屿，划归君王统治……在7年里，我，凭着神圣的意志，完成了这项征服工作。正当我有资格期待报酬与退休之际，我却身不由己地受到逮捕，并负以重锁押返家国……我所受的指控，乃出于曾经叛变，意欲占有该地的官职人员之恶意所致……
我祈求君等，以皇上、王后所信赖的忠实基督徒之热诚，览读我所有的文件，并考虑远从异地前来为这些王子效劳的我……如何在我的日子即将告终之际，一身的荣誉与财产，毫无理由地遭到剥夺，此事可谓既无正义，又无怜悯。
斐迪南是时正忙着与路易十二瓜分那不勒斯王国。他在6周之后方才下令释放哥伦布及其兄弟，并且召集他们入宫。国王、女王在阿尔韩布瑞宫（the Alhambra）接见他们，安慰他们，并恢复他们的财富，但他们从前在新世界的权威已不再。依据他们在1492年所签订的协约或同意书，国王、王后须让哥伦布全权治理他所发现的土地，只是他们觉得他已不再适合行使该一权力。他们于是任命奥万多（Don Nicolàs de Ovando）为印度群岛的新总督；然而，他们仍允许这位舰队总司令在圣多明戈收集所有的财产权，与迄至那时属于他的黄金挖掘和贸易。哥伦布的余生都很富有。
但他并不满足。他仍不断请求国王、女王再供给他一支舰队。他们虽还搞不清楚“印度群岛的探险事业”能否带来净利，但仍觉得尚欠他另一尝试。1502年5月9日，哥伦布从加的斯出发，开始第四次航行。他率领着4条船及140位手下，其中包括他的兄弟巴托洛梅与儿子斐尔南多（Fernando）。6月15日，他看到了马提尼克岛（Martinique）。6月29日，由空中及关节里可以感觉出暴风雨即将来临，舰队因而在圣多明戈附近海地海岸的一处庇护点上停泊。在那儿主要的港口内有支30艘船的舰队，准备开往西班牙。哥伦布传话给总督，说暴风雨正在酝酿，劝他将船只多留一会儿。但奥万多排斥了这些警告，径自下令舰队开拔。结果飓风来临，哥伦布的船只除了些微破损外，通通幸存，而总督的舰队，除一艘外，余皆遇难。连波巴狄拉的人员在内，一共丧失了500条性命，而满船的黄金，也委之于海。
毫无疑问哥伦布现在要在多扰的生涯中开始挨受最艰难悲惨的日子。他向西航行，抵达洪都拉斯（Honduras），继而探勘尼加拉瓜（Nicaragua）与哥斯达黎加（Costa Rica）两地的海岸，希望寻出能领他环球航行的一条海峡。1502年12月5日，起了一场暴风雨，它那疯狂的威力在哥伦布的航海日志里有段生动的描写：
一共9天之久，我像是个失落者，全无任何生机。肉眼从未看见波涛如此高大、愤怒与满布泡沫。飓风不但阻止我们前进，并且不容我们躲往任何岬角之后以求庇护之机会。我们因而被迫流落在这血腥的海洋上，犹如热火上的锅子在咝咝作响。天空从未显得如此恐怖，它整整一天一夜炽烈得如同一座火炉，闪电凶猛发作，使我每每怀疑，它是否袭走了我的樯桅与风帆；狂暴、恐怖的闪光使得我们全都感到，这些船像要被炸毁似的。整个时间里，海水不停地从天空下降；我并非说天下雨，因为那就像另一场大洪水。我的手下疲惫得希求一死，以终止恐怖的受苦。
除了风、水、闪电与附近的岩礁所造成的恐怖之外，还出现水柱——龙卷风掠过海洋所掀起的浪花，危险地袭近船只，把水“射上云霄”。哥伦布捧出了《圣经》，览读耶稣基督在卡柏诺（Capernaum）地方，如何平息一场暴风雨；继则抽剑在空中画了一道十字，以驱除水柱。据说那如塔水柱即因而退却。经过12个恐怖的日子以后，这场咆哮终于过去，舰队乃停泊在现在巴拿马运河（Panama Canal）东端的一个港内。哥伦布及其手下在那儿感伤地庆祝1502年的圣诞节与1503年的新年，而不知道太平洋就在40英里外。
更多的不幸相继而来。13位水手划着旗舰的小船，上溯一条河流以找寻清水时，受到印第安人的攻击，除了一名西班牙人外，余均被杀，船也被夺。有两艘船被虫蚁腐蚀得不能下海，而需抛弃。另外两艘漏得厉害，须用马达日夜抽水。最后，虫蚁战胜人力，这些幸存的船只，不得不搁浅在牙买加（Jamaica）的海滩上（1503年6月25日）。那些落魄的船员在那儿停留了一年零五天，其食物只能依靠当地土人不稳固的友谊，而那些土人也只能匀出些微的食物。在这一切困境中表现了沉着的勇气，而使得哥伦布不致完全沮丧的孟德（Diego Mendez），自愿率领6位基督徒与10位印第安人，坐在挖凿的独木舟里，航行455英里——其中80英里不见陆地——到圣多明戈求助。在这次试探中，他们的饮用水告罄，有数名印第安人死亡。孟德终于抵达了目的地，但直到1504年5月，奥万多不愿抑或不能空出一船，前往营救这位舰队总司令。到2月时，牙买加的印第安人把赠予搁浅的船员之食物，减到让西班牙人开始挨饿的地步。哥伦布身边带有雷乔蒙塔努斯（Regiomontanus）的《历书》（Ephe merides），该历书算到2月29日有月食。他召进土著的酋长，警告他们说，上帝因为他们有意让他的手下挨饿，赫然发怒，将把月亮遮晦。他们全都嘲笑起来，但当月食来临时，他们慌忙将食物带到船上。哥伦布重新向他们保证，说他已向上帝祷告，恢复月亮，且向上帝许诺，印第安人嗣后将适当地供养那些基督徒。不久，月亮果真再现。
待救援抵达，时间已过去了4个多月。即使如此，奥万多派来的那条船，也漏得几乎无法回到圣多明戈。哥伦布与其兄弟、儿子，坐上一条较为坚固的船只，经过了一段漫长而多暴风雨的航程，于11月7日回到西班牙。国王、王后因为他没有寻获更多的黄金以及一条通往印度洋的海峡，倍感失望。斐迪南与垂死的伊莎贝拉都没时间接见这位满头白发的水手。他从海地所取得的“什一税”，仍然照付给他。他备受关节炎之苦，而不是贫穷之苦。待斐迪南终于同意接见他时，这位看起来远超58岁的哥伦布，已几乎无法承受赶赴设在塞哥维亚的宫廷这一漫长的旅程。他要求皇上于1492年答应他的所有头衔、权利与岁收。国王踌躇未决，而只给他坐落在卡斯蒂尔的一笔丰饶财产。哥伦布拒绝接受，他追随朝廷到萨拉曼卡与巴利亚多利德。在那里，他因身心交瘁死于1506年5月20日。没有一个人曾经如此改造了世界地图。
