第三节封建社会的解体
封建时代生产力低下，农村的剩余基本被领主占有，不存在商品经济。但随着生产力的发展，如水利灌溉技术，肥料，及各种作物的改良和移植，产量日趋上升，但租贡却常年维持在固定的水平，于是除租贡外的农业剩余逐步增加。随着剩余增加，商人在农村也开始活跃，农民卷入了市场经济。此外，领主为了增加租贡收入，鼓励开垦新田，对新田施行租贡减免。这样，封建制度的基础开始动摇。
农民以独立的个体进入市场，自然不敌大商人和经商的贵族，在脱离封建制度的同时，逐步被商人和高利贷者所统治。虽然土地不可以自由买卖，但农民可以出让实际控制权，江户幕府末期，大量的土地集中于地主，很多农民丧失土地成为小作农，租种地主的土地交纳地租，同时向原来领主的交纳租贡，形成了“寄生地主制”。到了幕府末年，农民已经分化，自营农（拥有自己的土地）占36.3%，自小作农（拥有一部分自己土地，另一部分租种）19.5%，小作农（完全租种土地）44.2%。小作农的总收获量中，租贡占37%，地主的地租占28%，自己仅得35%。随着农民的分化和市场的发达，缺乏共同利益的村落共同体也逐步瓦解，商人的势力和地位得到很大提高。不过由于封建领主的强大，大商人多与幕府和各藩的封建统治者相结合，产生了寄生于领主的巨商，三井、住友等，它们在明治后发展成大财阀。
寄生地主制和商品货币经济的发展，导致多数的农民贫困化，还间接使幕府和诸侯的财政收入减少。在繁荣的市场面前，高级贵族追逐奢侈消费，也使开支不断增加。为了摆脱财政困难，领主加强了对农村的统治，增加租贡，由常年不变制的租贡改为按年征收，使农民更加贫困。为了填补赤字，领主还向商人借入高利贷，被迫给商人更多特权。为了独占利润，
幕府和诸藩还设立了特权工厂，后期还设立洋式工厂，如造船、兵器、纺织等，推进物品的国（藩）产化，减少对外藩及三都的依赖，（国）藩产物专卖强化，实现经济自立。在财政紧张的情况下，领主克扣武士的俸禄，使武士的生活水平下降，原本不被允许务农经商的武士被迫需要从事商业、手工业等副业维持生活，武士也开始卷入市场经济，与商人结合，如联姻，参加商业机构等。
农村的贫困迫使大量的农民抛弃土地，流入三都和其他的都市。都市的人口增长，使都市基础设施的压力增大，物价上扬，贵族的财政状况更加恶化。灾年时，米价高涨，都市的下层居民骚乱，成为比农民动乱更可怕的不稳定因素，需要存储大量救济米钱，进一步加重了幕藩的财政负担。同时，农村的人口减少，土地荒芜，但以村为单位的租贡没有减少（并纳），使更多的人口向都市转移，形成恶性循环。幕藩采用各种措施使都市下层住民减少，发出归农令，回乡务农，都没有显著效果。如1790年，幕府给愿意归农者提供约3两的奖励金，只有4人愿意归乡。
随着商品经济深入和农民贫困化，幕府和藩财政日渐困难，逐步腐败。幕府和诸侯随意发行货币，减少货币中的含金量，幕藩政府中贿赂和无尽（老鼠会）盛行。到了幕府末年，逐渐演变成逐层转嫁经济压力的结构，幕府把财政负担转嫁给藩，藩又转嫁给武士，最后全部压到农民身上。生产力提高了，但利益为少数商人和贵族所得，高级贵族消费了更多的奢侈品，农民的生活水平反而下降，农民暴动急剧增加，农民暴动不仅指向藩当局，也袭击身边的村役人、商人、高利贷者。作为领主统治农民的基层单位的村落共同体，也逐步演变成对抗领主的组织。可以推测，如果没有外来压力和工业革命，日本会演变成与中国古代类似的农业资本主义制度——无用、腐败的贵族阶级在动荡中被消灭，取而代之的是不直接干涉经济运行的小型统一政府，社会阶层不断流动变换，农民工商业者自主经营，通过市场交换物资。
