化学
这个杰出的世纪看着炼金术异想天开的试验发展成化学。长久以来，经由熔铁、鞣皮、调和染料、酿造啤酒等活动，工业界早已储积了许多化学知识，可是研究物质组织、结构和变化的工作，却大部分留给炼金术士去寻找；药物学家调和丹药，和从德谟克里特到笛卡儿的哲学家，去苦思物体的构造去了。有些到化学的通路，利边菲乌斯（Andreas Libavius）在1597年，海耳蒙特（Jan Van Helmont）在1640年已经开辟出来，不过这两个人都仍然抱着炼金术士的希望——把“基本”的金属变成黄金。玻意耳本人也以此为目标做过试验。1689年，他设法废止一条反对“增加金银”的英国旧法令，又在他死的时候（1691年），留给他助手一大堆红土，指令他们要试着把它变成黄金。既然改变金属已是现代化学的老生常谈，那我们在非难和隐瞒对黄金的渴望时，就也该为炼金术里的科学喝彩。
对炼金术最重的打击，是玻意耳发表他的《怀疑化学》（Sceptical Chymist，1661年）——化学史上最重要的古典作品。他在此致歉，为的是使他的论文流通，而痛苦地损毁了它，使它不够完整。他“看到晚近以来从前轻视化学的学者，开始耕耘这块园地”因而感到欣慰，“它的确值得如此”。他称他的化学是怀疑论的，因为他要拒绝一切神秘的说法和超自然的性质，而认为它们是“无知的庇护所”，又决定靠“实验，而不是三段论法”来解决问题。他放弃传统把物质分为空气、火、水和土四种元素的说法，他说这些东西是混合物，不是元素，真正的元素更恰当地说，是“某些原始、简单，或完全未经混掺的物体，而不是由两种或两种以上的其他物质所组成”，它们是一切混合物的成分，所有的混合物都可以分解成它们。可是他不认为元素是物质的根本要素；他主张这些“最小的自然物”是微小的粒子，肉眼看不见，形状和大小各不相同，正像Leucippus（译按：约公元前450年的希腊哲学家）所说的原子一样。由于这些粒子种类繁多，时而运动，时而结合成“原子”，所以一切物体和它们的性质，像颜色、磁性、热与火，都只受单纯的机械原理支配。
在从前，火对科学家的魅惑，正像对壁炉边的梦想者一样。究竟是什么使一个东西烧起来？如何解释这些美丽、傲慢、恐怖而又随时改变的火舌？1669年，一个日耳曼化学家比彻（Johann Joachim Becher）把所有的元素归纳成两个——水和土。后者的某一种形式他称为“油状土”，他相信它存在于一切可燃的物体里面，这就是燃烧的原因。跟着这个错误的指导，18世纪时斯塔尔（Geory Stahl）用他那熟悉的“燃素说”使化学界误入歧途数十年。玻意耳找到另一条线索：各种不同的可燃物里，没有一样会在真空里燃烧，他认为：“空气里有一种微小而重要的第五原质（译按：quintessence，希腊毕达哥拉斯学派以为除气、火、水、土外的另一元素）……它和我们生命的元气之更新与恢复有关。”和他同时代，而比他年轻的梅奥（John Mayow），也是皇家学会的成员，假定空气的成分里有一种物质，当金属被煅烧（氧化）时，就和金属结合，以此向今天我们有关火的理论开始迈进（1647年）。他又相信一种熟悉的物质会进入我们的身体，把静脉血变成动脉血。在谢勒（Scheele）和约瑟夫·普里斯特利（Joseph Priestley）肯定氧的存在之前，还有100年的岁月要过去。
1670年左右，一个日耳曼炼金术士布兰德（Hennig Brand）发现，他可以从人尿里得到一种化学物质，不必预先曝光就能在黑暗中发亮。德累斯顿地方的一个化学家克拉夫特（Kraft），于1677年在伦敦查理二世的面前展出这种新成品。玻意耳只在故弄玄虚的克拉夫特嘴里挖出来这么一点：他承认，这种发光的物质“是多少有点属于人体的”。这暗示已经够了：玻意耳很快地自己制出了磷，又经过一系列的试验，他建立了一切迄今所知有关这种物质发光的知识。不管它的原料有多丰富，新成品每英两要使买家破费6先令（315美元？）。
