卢梭与加尔文教派
卢梭致德博蒙主教的信仅使得法国少数自由思想派与少数瑞士政治叛徒感到愉快。在23件致作者的“反驳书”中，几乎全部是来自新教徒。日内瓦加尔文教派在该函中看到对神迹与《圣经》启示的攻击，宽容这种异端势必再激起像达朗贝尔曾指责他们的那种危险。由于愤怒于日内瓦自由分子为维护他而发言的失败，卢梭（1763年5月12日）将一份放弃公民权的文书送致日内瓦大议会。这项行动获得某些有力的支持。6月18日一个代表团向国家第一行政长官提出一项日内瓦市民与公民的非常谦虚与可敬的抗议，在其他冤情中，该团埋怨对卢梭的判决是非法的，而没收日内瓦书摊中《爱弥儿》一书的复印本实已侵犯了个人财产权。廿五议会摈斥了此抗议，该年9月检察官特龙金（伏尔泰的医生的表兄弟）发表了《乡间信简》，为议会的遭议论的行动作辩护。“代表们”请求卢梭答复特龙金。为不愿让坏事单独滋长，卢梭于1764年12月发表了9封“山间信简”——来自他的山间的小茅屋——对日内瓦平原的寡头政治进行反驳。对于牧师如同对于议会的愤怒，他破釜沉舟不顾一切攻击加尔文教，有如攻击天主教。
他正式对代表们的领袖宣读他的书信。他以讨论由于草率地谴责他的书及他的人格而没有任何辩护的机会所招致的损害作为书信的开始。他承认他的书有美中不足的地方：“我自己也发现在书中有很多的错误，我不怀疑别人能发现更多的错误，而且还有既不是我也不是别人所已觉察到的……在听过双方面的说法之后，大众将会判断……该书获胜或崩溃，而这个案件也告了结。”但是该书是“有害”的吗？任何读过《新爱洛绮丝》及《萨伏依的副牧师》的人会相信两书的作者有意摧毁宗教吗？诚然，这些著作企图摧毁如“人类最可怕的瘟疫、圣人的遗憾与暴政的工具”的迷信。但是这些著作没有肯定宗教的必要性吗？作者被指控为不信基督。作者是信仰基督的，但是以与指控者所不同的方式去信仰而已：
我们承认耶稣基督的权威，是因为我们的智慧同意他的训诫是崇高的……我们承认天启是来自我们所无法了解其底细的圣灵……福音中神的权威，我们相信耶稣基督被赋予这项权威，我们承认在他的行为中有超越人类的品德，及在他的教训中有超人的智慧。
第二封信（忘了《社会契约论》）否认了市民议会有权判决宗教事件。新教徒宗教改革的基本原则，即个人有为其本身解释《圣经》的权利，已在谴责《爱弥儿》一书时被破坏无遗。“假如你今日对我证实关于信仰事件，我不得不呈给某人作决定，明天我将成为一位天主教徒。”卢梭承认宗教改革者轮到他们本身，也变成个人解释《圣经》的迫害者，但此举并不使（若没此一原则，则新教徒反抗教皇权威即成为不正当的）此一原则变得无效。他指控加尔文教的牧师（除了我的牧师）接管了天主教信条不容忍的精神。假如他们对于宗教改革的精神是真诚，他们势将维护个人有权发行其所解释的《圣经》的权利。现在他愿对达朗贝尔对日内瓦牧师所作的观点进一忠言：
一位哲学家对他们抛了急速的一眼。他看透了他们，知道他们是反耶稣的教徒，否定三位一体的教徒，他这样说，是想给他们光荣，但他并不了解他正危害他们现俗的利益——唯一决定现世人们信仰的事。
在第三封信里，卢梭担当起指控他斥责神迹的挑战。假如我们将神迹下定义为破坏自然法则，那么我们就不知道是否任何事情都是神迹，因为我们不能明了所有的自然法则。甚至每天看到非由违背自然法则而由较大知识的科学所完成的一种新的“神迹”。“古代先知由他们的话使得火从天上掉下来，今天的儿童可由一片（烧）玻璃来做得跟先知们同样的好。”约书亚使得太阳消失，任何年鉴的作者也能以计算日食的方式来实现同样的结果。而那些在蛮族中表演这种奇迹的欧洲人也因而被认为是神，因此过去的“神迹”——甚至耶稣的那些神迹——也可能是被民众曲解为自然法则的神圣中断的自然结果。或许耶稣使之复活的拉撒路（Lazarus）并非真正的死——此外，一位教师的“神迹”怎能证明他的学院的真理，当普遍被认为是假的学说的老师表演了宣称相等于真的“神迹”，正如埃及的魔术师在与阿伦（Aaron）将棍子变成蛇的竞争一般？基督警告那些“以大手势作为奇迹”的“假基督”。
卢梭以帮助中产阶级代表们为主旨作为他的信的开端。他并未为民主政治方针的扩大参政权作为呼吁。诚然，在第四封信中，他一再强调选举性的“贵族政治”是最好的政府，同时他向日内瓦统治者保证，他在《社会契约论》中所提出的理想，就日内瓦宪法而论，是很重要的项目之一。但在第七封信中他告诉他的朋友，他抗议中产阶级认为该宪法承认在总议会选举及其年会期间，可授予拥有参政权的市民无限的权力，因为一年当中其余的时间，公民就毫无权力可言了。在长期的中断期间，廿五议会就是“法律最高的仲裁者，也因此成为所有个人的命运”。事实上在总议会以主权者姿态出现的市民与中产阶级，在其休会之后，就成为“独裁者的奴隶，毫无防卫地交给25位独裁者去处置”。这几乎是革命的呼声。然而，卢梭反对这种最后的手段。在最后一封信中，他赞扬中产阶级是国家中最清醒与最爱好和平的阶级，夹在富有与被压迫的贵族社会、“残酷与愚蠢的民众”之间，但是他忠告代表们应保持耐心、信服公理、及时改过。
《山间信简》攻击卢梭的敌对者并引起他的友人不愉快。日内瓦的牧师们对他的异端学说感到惊恐，而更为卢梭扬言说他们也同意他的学说所震惊。现在他对加尔文派传道者严厉抨击，骂他们为“贱民、骗子、愚蠢的谄媚者、疯狂的狼”，并表示他宁可喜欢法国乡镇朴素的天主教牧师。代表们在为获得更多政治权力所作的成功竞争中并未利用卢梭的信简，他们认为卢梭是危险与靠不住的盟友。卢梭决定不再参与日内瓦未来的政治。
