·托马斯学说的评估
托马斯学说，为当代大多数人当作是一部毁了基督教信仰的异教徒理论之巨大堆积。圣弗朗西斯修会的修士们，依循奥古斯丁神秘的爱之途径寻求神，而震慑于托马斯所提出智性高于意旨，了解高于挚爱的“主知主义”。许多人怀疑如何向这样一位冷漠、遥远，《神学汇论》中描述的“纯粹的行动体”的上帝祈祷，耶稣如何能成为如此抽象概念的一部分，对这样的一位上帝，圣弗朗西斯曾如何谈及或曾如何对其说话。将灵魂与肉体合而为一，似乎是蔑视了灵魂的不朽性。将实质与形式合为一体，虽经托马斯的否认，仍是落入了阿威罗伊的世界永恒理论的窠臼中。以实质而非形式作为个体化的原理，似乎使灵魂成为不可分化，亦步入阿威罗伊的灵魂统一及非人格灵魂不朽的理论。最糟的是，托马斯学派的哲学中，亚里士多德凌驾奥古斯丁之上，这对圣弗朗西斯修会的修士而言，似乎是异教之胜于基督教。那么在巴黎大学，难道未有教授或学生将亚里士多德置以《圣经》的四福音书之上？
正如20世纪末期正统的伊斯兰教徒，诋毁并放逐属亚里士多德学派的阿威罗伊及13世纪初正统的犹太教徒，焚毁亚里士多德派的迈蒙尼德之著作，同样，在1260年1275年间正统的基督教徒也反对亚里士多德派的托马斯。1277年，在教皇约翰二十一世的催促下，巴黎主教下颁诏书，将219种见解斥为异端。其中三种明显地是控诉“托马斯弟兄”：因为他说天使没有身体，而每位天使是为个别的物种，实质为个体化之原理；上帝不能在没有实质的物种中增殖个体。主教还说道，任何人支持这些理论，将被逐出教会。数天后，一位圣多米尼克修会派的领导人罗伯特·基尔瓦德比（Robert Kilwardby）说服了牛津大学的大师们，抨击各种托马斯的理论，包括人的灵魂肉体合一论。
此时托马斯已去世3年了，不能为自己辩护；但是他的老师大阿尔伯图斯从科隆匆匆赶到巴黎，并说服法国圣多米尼克修会的修士们支持自己的弟兄。一位圣弗朗西斯修会的修士威廉·玛尔（William de la Mare）教士发行参加争论宗教论文《托马斯弟兄理论之修正》（Correctorium fratris Thomae）。
就118点修正托马斯的理论，另一个圣方济各修会教士，坎特伯雷的大主教约翰·佩克哈姆（John Peckham）正式谴责托马斯学说，并力促回复至波拿文都拉及圣方济各理论。但丁也加入纷争，以修正的托马斯学说为《神曲》的理论架构，并在通往天堂的阶梯上选择托马斯为其指引。经过半个世纪的论战，多明我修会的修士们劝服教皇约翰二十二世相信托马斯为一位圣者，他的被册封为圣徒（1323年），给托马斯学说带来了胜利。此后神秘主义学派在《神学大全》中发现了最深刻明晰的神秘冥想生涯的解说。特伦托会议（1545—1566年）时，将《神学大全》与《圣经》及《教令集》同置于祭坛上。圣罗耀拉（Ignatius Loyola）命令耶稣会教授托马斯学说。在1879年教皇利奥十三世及1921年教皇贝尼狄克特十五世，虽并未宣布圣托马斯的作品全无误，但使其成为天主教之正式哲学，至今所有罗马教廷设立的大学都教这门课。托马斯学说虽然在天主教神学家中是受到某些批评的，但在现代又赢得了新的支持者，且堪与柏拉图及亚里士多德的学说相比拟，同为最经得起考验与具有影响力之学说。
一个人在700年后去指出阿奎那作品中那些基本立论经不起时间考验，是件很容易的事。它的过分依赖亚里士多德，是优点也是缺点：就这点论，他缺乏创新，却显出勇气，对中世纪的思想清除出新的蹊径。托马斯谨慎地使用直接而正确的翻译，因此，除阿威罗伊外，他比其他中古思想家更彻底了解亚里士多德的哲学（非科学）作品。他十分愿意向回教徒及犹太教徒学习，然仍以一种自恃不卑的态度来对待它们的哲学家们。他的思想体系内，也有许多无意义的压舱物，正如与我们看法不相同的许多哲理，但非常奇怪的是如此一个谦抑的人却长篇大论的谈及天使如何知道，堕落前的人类是如何及若没有夏娃求知的好奇心，人类将会如何。也许我们误认他为哲学家。他自己坦白地称其工作为神学，他并不讳言其跟随理性的指引，他承认他以结论为推理的开始，虽然大多数哲学家都是如此，但许多人责难这种方法对哲学是离经叛道的。他的思想涵盖了一个极广泛的领域，除了斯宾塞外，没有任何思想家敢再尝试，并且对每一领域他都以明晰及平和的文体写出，尽量避免夸大而寻求中庸之道。他曾说：“智者缔造秩序。”他并未成功地调和亚里士多德和基督教教义，然而他的努力却赢得了理性的划时代的胜利。他将理性如俘虏般引进信仰的堡垒，他的胜利却带来了信仰的时代的结束。
