第一次昏倒在批斗场上
在江青接见之后，二医大「红纵」真是疯狂到了极点。他们被中央文革，全军文革封为「革命造反派」，这在当时是最高的「荣誉」了。紧接着，「红纵」把矛头指向了三个方面，这就是：打垮二医大「红旗」：在总后机关组织同盟军；打倒邱会作。这三者又是互相联系，齐头并进，但以打倒我为主要目标。「红纵」打砸抢的能量真是不可一世的！
「红纵」在江青接见他们的第二天，即从十月九日开始，到十一月十七日，在全军文革纵容、支持下，对我连续批斗了四十多天，经常都是晚上八时开始，到次日六时结束，名为要我解答问题，事实上是对我进行精神和肉体的折磨。当时，我既要参加军委办公会议的日常工作，又要主持总后的工作，对我的身体和精力来说，早已是满载超轴了。他们说：「邱会作是铁人，也能把他烧软了。」
全军文革还指使钱信莎组织了「全军院校批判资产阶级反动路线观摩大会」，实际上是对我的批斗会。从十一月十六日晚八时开始，先在机关食堂进行批斗「预演」，到十七日上午转到总后礼堂批斗，下午三时我自己就感到头晕，支持不下去，只有硬顶，六时左右就一下昏倒在批斗场上了。总后门诊部立即把我送三〇一医院抢救。
我到医院两小时以后，叶帅就给三〇一医院下了命令：（1）要全力抢救邱部长；（2）要保护邱部长的安全；（3）不准任何人干扰邱部长的治疗。
造反派除了执行全军文革打击老干部的指示外，其余任何人的话都不听的。为了确保安全，二十日晚上，叶帅就派军委办公厅科长杜海舟把我接到西山（军委战时指挥所，绝对禁区）养病去了。当时，叶帅是有条件保护我的，也是真心保护我的。十一月十三日，叶帅等人在工人体育场接见军队院校师生时就说：「二医大那些同志，搞过了头就错了。」
二医大「红纵」在总后机关闹了几个月，除了批斗了我几十次之外，其余什么也没有捞到，由于军委一再催促军队院校的师生要回到学校去闹革命，十二月底他们灰溜溜地回上海去了。他们是被迫回去的，当然是心里不服的。中央文革副组长张春桥立即接见了红纵的勤务组，张春桥说：「你们在北京得到了锻炼，学到了造反本领，也出了名。特别重要的是得到了江青同志的接见。你们现在的任务是搞好学校的文化革命，随时接受新的任务。文化革命才开始嘛，英雄还能无用武之地！现在上海的形势很好，在学校你们是没有多少事可做了，你们还是要准备上北京的。你们那位部长是又臭又硬的，现在躲在山上同元帅住在一起享起清福来了。这就是他们这些人对伟大领袖毛主席亲自发动和领导的无产阶级文化大革命的态度。」「红纵」很理解张春桥的指示，果然一个多月以后「红纵」奉全军文革的命令，又杀回总后机关来了。
