秘教的盛行
在这个人们专注于神学及经院哲学的时代中，能够产生科学史上最杰出的两位科学家——哥白尼及维萨里——可说是令人非常值得注意的。而且很奇怪的是记载他们两人学说的精义的文章竟包括在1543年出版的《奇妙的年代》（Annus Mirabilis）中。当时有很多因素有利于科学的发展，例如美洲的发现，亚洲的探险，工业的需要，以及贸易的扩展，这些发展揭开了与传统观念相反的知识，并鼓舞着新思潮的到来。由希腊文及阿拉伯文翻译过来的译本，阿波罗尼乌斯所著《圆锥体》（Conics）一书的印行（1537年）及阿基米德的论文（1544年，希腊文）都刺激了数学及物理之研究。但除了这些正经的知识之外，仍有许多旅行家漫天撒谎，或者是一些印刷品散布着不正确的知识。当时虽已有许多种科学仪器，但都相当原始粗劣。当时还没有显微镜、望远镜、测温器、湿度计、测微器及微计时器等。文艺复兴时代所重视的是文学及其格式，对哲学的兴趣则稍逊，而对科学则毫不注意。文艺复兴时代的教皇对科学并不敌视；利奥十世及克莱门特七世都曾很虚心地倾听哥白尼的解说，保罗三世亦曾毫不犹豫地接受了哥白尼所呈献的那本惊动世界的《周转论》（Book of Revolution）。但在保罗四世时期反动派又兴起，在意大利宗教法庭发展起来，再加上在特伦特所召开的红衣主教大会所发布的敕令，这都使得科学研究在1555年之后越加困难。
新教徒并不喜欢科学，因其信念是以不容置疑的《圣经》为基础。路德拒绝接受哥白尼所主张的天文学理论，因为《圣经》记载约书亚命令太阳站着不动，而不是地球不动。梅兰克森则倾心于科学，他研究数学、物理、天文及医学，并且教古代数学史；但他的多方面的兴趣却被其主人强有力的天性及路德死后狭隘的路德教派的声势所压倒。加尔文对科学并没有多少贡献，而约翰·诺克斯对科学的成就更绝无仅有了。
这种迷信的环境气氛一直笼罩、困惑甚至威胁到未来科学家的明智。尤其是以卡丹及帕拉切尔苏斯（Paracelsus）的例子尤甚。从埃及传来的炼金术，希腊的神秘的毕达哥拉斯派学说及新柏拉图学派，犹太教的神秘哲学均吸引了上千人的沉思，故在历史的撰述中充满了神话与奇迹。旅行者叙说有喷火的龙及能爬索的行僧。几乎在公私生活中任何一项不寻常的事件均被解释为上帝或魔鬼对人类的告诫或毁灭的诱惑。许多人相信彗星与流星是愤怒之神所投出的火球。每一受过教育的家庭都收到传单说明重金属能够转变成金子，并且当时的一篇报告称：“所有听到或看到这些传单的裁缝师、鞋匠、仆人将会把他们所有的钱付给那些懂得这种法术的到处流浪的骗子。”1549年在英格兰一件审判案件中，一位名叫威廉·威彻利（William Wycherley）的魔术师说，在那个岛上有500位像他一样的魔术师。在日耳曼四处巡游的学生有出售抵抗女巫及恶魔的护符。而士兵们亦流行着携带保证能避枪弹的符咒。人们亦常在弥撒中祈雨或盼天晴，甚至祈求战争之胜利。祈雨是很平常的事，而且有时似乎过分灵验。如果过分灵验的话，那教堂的钟将会作响，以通知上帝停止下雨。1526年到1531年特鲁瓦（Troyes）的僧侣即曾对传染植物病害损害收成的蝴蝶判驱逐教籍，但补充说明这种敕令只对那些向教会付什一税的农人所拥有的土地有效。
一般来说，大多数的事件是归诸于恶鬼甚于上帝。一位新教徒作家在1563年很惋惜地称：“许多城镇几乎没有一年不发生极其无耻可怕的新闻，这些都是魔鬼利用各种肉体或灵魂的引诱来消灭神圣的《福音》。”甚至路德亦像群众一样，认为大多数的疾病是由于恶魔闯入人的身体，虽然此一看法并不与我们现在的理论完全不同。许多人相信疾病是由恶魔的眼睛或其他奇怪的方法得来的，故疾病能被一些神奇的药帖治愈——这些与我们现在所遵行的亦相去不太远。大多数治病的方法是要依靠行星的方位，故医学生必须研习占星术。
占星术的产生是基于宇宙间有一种不变的法则之假说，而其得以成为一个学科是由实验而来的。在这期间相信人世的事件受星象的位置与运行所支配的人已不像以往那样普遍，然而在16世纪单单巴黎一地就有3万名占星术者，只要付一块硬币，他们都能为人们画出一副天宫图。占星预言的历书是当时最畅销的书籍；法国讽刺作家拉伯雷在他所著的《巨人传》一书中讽刺他们为阿尔科弗里巴斯（Alcofribas）大师。在这方面，路德及巴黎大学神学院都一致谴责任何形式的占星术。对于这种占星预卜先知之事，天主教会官方的态度并不欢迎，因为这种占卜蕴含着宿命论及将教会置于星象之支配下。当时一位驻教廷大使说，当时最伟大的思想家之一教宗保罗三世如果没有择吉日或观察星象，绝不召集宗教法庭会议或外出旅行。而其他如弗朗西斯一世，美第奇的凯瑟琳，查理九世，尤里乌斯二世，利奥十世，阿德里安六世等都询卜问卦。梅兰克森更改路德的生日，以便使他能在天宫图上占有更吉利的位置，并且要求路德在新月的时候不要旅行。
在这个时期里，占星术士仍然是很受欢迎的。法国有位占星术士名叫诺斯特拉达穆斯（Nostradamus），精通医术与天文，并且被认为是美第奇的凯瑟琳的半官方占星官。凯瑟琳为他在勒斯·霍尔斯（Les Halles）地方建立一所观测台。1564年他预测查理九世能活到90岁。但后者在10年后即去世，时年仅39岁。1566年他自己去世，遗留下一本预言的书，在该书中他很聪明地使字里行间都显得模棱两可，而且总能与以后历史上之每一件事件相印证。
因为16世纪的基督教徒相信能从魔鬼那里得到超自然的力量，而且从小就害怕魔鬼，故他们认为必须将女巫烧死。路德及加尔文追随教皇英诺森八世，呼吁迫害女巫。路德说：“对这些女巫我没有丝毫的同情，我要将她们都烧死。”1540年6月29日在维藤贝格烧死4人，1545年日内瓦烧死34人。当然，改革教派可从《圣经》中获得其焚烧巫师之正当理由，而清教徒亦能从《圣经》“出埃及记”中取得根据，天主教伏魔的仪式鼓励了人们相信巫具，认为魔鬼的力量潜伏在人体上。路德宣称，在莱比锡的敌手埃克（Johannes Eck）曾和魔鬼撒旦签订条约，而约翰尼斯·科舍罗（Johannes Cochlaeus）反驳说，路德是撒旦与玛格丽特·路德（Margaret Luther）的私生子。
当时常利用指控对方施行巫术来作为除去个人仇敌的方法。被指控的人只有选择冗长的拷问，以说出供词，或因供认而即被处死之一途，并且在16世纪的欧洲，执行拷询是极具系统的，从极其冷血残暴的对待无名之士到不信教的民族。许多受害者好像也相信他们自己是有罪的，认为自己曾与魔鬼心灵或肉体的交感。有些被指控者自杀；一位法国法官注意到一年之内有50件此等案件。在这种迫害行为的高潮中，俗世的官员有时常超越神职的界限而进行迫害。依照1541年亨利八世的法律，任何有施巫术之人均得处以死刑，但西班牙的宗教法庭认为施行巫术是心智耗弱者的幻觉，故应通知其代理人注意，如此则排除了大众对焚烧女巫的要求。
当时提出保护女巫的人比保护异端的人还少，虽然异教本身亦信巫师。但到1563年有一位克莱沃地方的医师名叫威尔（Johannes Wier），发表一篇论文《论魔鬼的骗术》（De praestigüs daemonum），才稍微缓和了那种迫害的疯狂。他并没有对魔鬼的存在提出疑问，而只是提出女巫是魔鬼侵入人体下的一个无辜的受害者，而受魔鬼引诱去相信他们所供认的荒谬行为。他认为，女人及那些心灵或肉体受着疾病痛苦的人特别是魔鬼可能附身的对象。最后他下一结论称，巫术不是一种犯罪，而是一种病。他要求欧洲各君王们停止对那些可怜妇女的迫害。几年之后，威尔又写了一本书，很详细地描述地狱的情形，包括它的头目、组织及内部的作业情形。
我们可以从浮士德的故事中看出当时的看法。我们最早听到浮士德是在约翰尼斯·特里特缪斯（Johannes Trithemius）的信上提及。特里特缪斯称浮士德为江湖郎中，然后到1513年穆蒂亚努斯·鲁弗斯（Mutianus Rufus）亦再度提及，但亦无好评。有一位伏姆斯地方的医生名叫菲利普·比加迪（Philip Begardi），在1539年写道：“在之后几年，有一位相当杰出者名叫浮士德，他曾周游列国，并且自夸为伟大的医生，并精通手相、面相、预言及其他各种技能。”这位划时代的浮士德似乎是在1539年去世，据梅兰希顿说，浮士德是被魔鬼捏死的。4年之后，浮士德与魔鬼相结交的神话出现在巴塞尔地方一位清教徒牧师约翰尼斯·加斯特（Johannes Gast）所写的《塞尔莫内斯·孔维瓦勒斯》（Sermones conviviales）一书中。有两个古老的观念使得这位历史性的江湖郎中成为神话、戏剧及艺术中的人物，这两种观念即：人如果与魔鬼勾结即能获得神力；及世俗的知识是一种无礼的自负，可能将人导入地狱。总而言之，这个神话可能是路德对天主教的一种讽刺，用一种更深入的眼光来表示宗教排斥凡俗的知识，自认为本身即已是一种真理，就好像他反对谦卑地接受《圣经》一样。歌德反对这种对凡俗知识的排斥，认为宗教应吸取知识，以便应用到日常的善行之中，进而净化宗教之本身。
浮士德的神话在阿格里帕（Henry Cornelius Agrippa）的悲惨一生中验证。阿格里帕在1487年出生在科伦地方的一个世家中；他到巴黎去打天下，并在那里交结了一些自认为具有奥秘之智慧的魔术师及庸医。为了寻求学问与名望，他研习炼丹术及秘术，并且确信有一个不是遵循正轨观念及理性可达到的开明世界。他把一本《秘教哲学》（De Occulta philosophia）的手稿送给特里特缪斯并附一封私函：
我觉得很奇怪，而且也觉得不平，因为竟然到现在尚无一人起来为这种崇高的研究而辩护，虽然所研究者系被指为不敬之事。我内心沸腾，希将我所思予以哲学化，因此我欲著一本值得称赞的著作，如果我能为它辩护，则这种古老的魔术将为所有明智之士所学习，脱离被指控不敬的悲惨之境，而获得其本身应有之合理地位。
特里特缪斯的答复给予很好的建议：
对大众只能说可以公开的事，而秘密或高调只能对最亲密的朋友说。要对人说人话，对鬼说鬼话，因对象不同而话题有异。好好地加以考虑，以免你也像别人一样遭人残害。
可能是为了谨慎，也可能是无人肯出版，阿格里帕一直将该书压了20年未付梓。后来马克西米连皇帝征召他到意大利作战，他在战场上之表现甚佳，又曾抽空到比萨大学讲解柏拉图的课程，并且在巴维亚大学取得法律及医学的学位。1518年他被任命为梅斯地方的律师，但不久之后即因干涉一件年轻女人被控施巫术的案件而被免职。因他将她从宗教法庭中释放出来。那个时候他认为换个职位也未尝不是件明智之举。之后两年他充任萨沃依的路易斯之医生，然而因他仍卷入甚多纠纷中，以至于她停止他的薪水。他带着第二任妻子与小孩搬到安特卫普，并担任奥国玛格丽特·雷根的史官及皇家图书馆负责人。至此他方能三餐不辍。这时他完成最重要的一部著作《科学的不定与虚幻论》（De incertitudine et vanitate scientiarum），他在1530年将它发表，然后再将其早期之作品《秘教哲学》加上一段序言，称他仍继续相信该书所指之神奇的护符，并将该书予以发表。这两本书触犯了整个世界。
《秘教哲学》主张如果人的灵魂支配着人的肉体，则整个宇宙亦为宇宙精神（spiritus mundi）所支配。而我们可遵循拜火教的方式来净化我们的心灵，然后就能发掘这种伟大的灵魂力量。如果用这种方式再予以加强，那我们的心能洞悉各种物体之质、数字、信、文字，亦能透视星象的秘密，亦能控制地面上的各种力量及半空中的魔鬼。该书发行甚广，甚至到他死后仍发行数版，使人亦传说阿格里帕亦曾与魔鬼结盟，魔鬼化身为他的狗伴着他，并使他能够在地球上飞翔，并能睡在月亮上。
生命的兴衰减低了阿格里帕对超感官体验的主张。他知道魔术或炼丹术并不能维持他一家人之温饱，亦不能偿付其债务以免于入狱。故转而拼命地追求知识，而在39岁那年完成《科学的不定与虚幻论》，那是在16世纪蒙田之前最具争论的书籍。在他的序言中写道：“我很清楚我必须面临一阵苦战……首先必定是由污秽的文法学家挑起的战端……然后紧跟着便是乖张的诗人，惟恐天下不乱的历史学家，咆哮夸言的讲演家，顽固的逻辑学家……占星术士、魔术师及爱好争辩的哲学家……”并称所有的知识是不确定的，所有的科学都是无用的，而无知是最快乐的一种生活。接着又指出是知识破坏了亚当与夏娃的幸福，及苏格拉底承认无知带给他满足与名望。“所有的知识只是人类的习惯与意见，其对人有益亦有损，没有完美的情形存在，但却使人充满了疑虑、恐惧与争论。”
阿格里帕开始舍弃文字的追求，并指责其与发音不一致。他嘲笑文法家，认为所谓文法的例外比规则还多，那些人一再地为人们所排拒。他又称诗人都是疯子，没有一个心智正常的人能写出一首诗。他亦称大部分的历史都是虚构的，但不像伏尔泰所称的“一个不变的虚构”，而是一个每一历史学家或每一朝代都在改变的常变的虚构。演讲是用流利的词句引诱人们的心智走入歧途。阿格里帕现在指出他自己的书所谈论的神秘论只是一个虚假的赝品，如果你愿意的话，甚至可以说它是一个谎言。如果他正式地从事占星术、魔术、占卜、炼丹术或其他不学无术的伎俩，那主要是因为顾客纠缠不休地恳求告知有关人不可知的天机，并且都能付出可观的代价。巫术是有害的迷信。对于一个哲学家来说，对一件事各有不同的说法，无疑是自掘坟墓。我们可以不予理会而让他们自相残杀。至此，在哲学家寻求从理性演绎出道德之规范中，如果主张因时地之不同而有道德标准之差异，那将是件可笑的事。当科学渗入了虚伪的成分时，艺术亦将开始腐坏。每一个宫廷都是腐化习俗之集大成，也是罪恶之归宿。交易是件欺诈的行为，司库是盗贼，无所不偷，无所不抢。战争是少数人残杀多数人的一种运动。医学是某一种杀人的艺术，其对医生本身常较病患本身来得更危险。
阿格里帕前面所说的一切之结论为何？如果科学仅是短暂的一种观念看法，而哲学只是对不定的大自然所作的一种无谓臆测的狂想，那人将依赖什么过活？那只有信赖《圣经》所指的“上帝之道”了。在阿格里帕所怀疑之事中有些是《福音》，然亦有许多地方显示出其改革之点。他反对教皇具有世俗的权力的说法，他甚至指出如教皇违背《圣经》所言，其宗教之权威性也值得怀疑。他谴责宗教法庭，认为它不是用理性与《圣经》来说服人，而是用柴薪与烈火来说服人。他希望天主教会少说教，多行善事。但他比改革教派更进一步指出《新旧约》的作者们也会有误的说法。他认为只有基督才是永恒的真理。我们只需信赖他一人。只有他才是我们的心灵与灵魂所能得到的最后的归宿。
阿格里帕对于他的言论所引起的风潮甚感满意，但在以后之余年中他必须为此而付出代价，牺牲其欢乐。查理五世命令他收回其对天主教会的批评。他拒绝了，因此他的薪水亦被削减。他因负债而入狱，他要皇帝负责，因皇帝有责支付他的宫廷史官的费用。坎佩基欧（Campeggio）红衣主教及列日的主教保他出狱。但查理五世仍将他驱逐出其帝国领土之外（1531年）。阿格里帕搬到里昂，据说，他在那里又因债入狱。释放之后，他搬到法国东南部的格勒诺布尔（Grenoble）。之后，他在该处去世，享年48。他可能对形成蒙田的怀疑论有所影响，但他惟一为世所知的书是那本为他自己所废弃的评论秘教之书。秘教思想及其应用之术一直兴盛到16世纪末。
