外科医学的崛起
虽然欧洲在解剖学上有相当的进步，但在医学及医术方面仍然依赖希腊及阿拉伯的权威。由感官上所获的证据也很难用来驳斥加伦或阿维森纳的话；即便是维萨里亦是如此。当他的解剖证实了加伦的错误的时候，他说：“我几乎不能相信我的眼睛。”编译加伦或希波克拉底等作品，传布古老的知识，将压制新的实验，就好像意大利文艺复兴时代诗人彼特拉克与法国诗人龙萨努力于模仿维吉尔的史诗而抹杀了他们原有的天分。当林纳克（Thomas Linacre，英国医生）在1518年设立了后世所谓的皇家医学院（Royal College of Physicians）时，其主要工作就是翻译加伦之书。
因有各种药品传到欧洲，而使医疗之术大为改善。例如金鸡纳树皮、吐根、大黄、苏门答腊的姜、安息香、马六甲来的丁香、交趾支那来的芦荟、中国来的樟脑和肉桂。这种发展也使得欧洲人利用土生植物之数量大增。瓦勒里乌斯·科杜斯在1546年编纂了第一部日耳曼药典。由西印度传来用零陵香树所泡制之汁来治疗梅毒的方法变得非常普遍，以至于富格尔家族又一次从其债务人身上获得大利。而查理五世在其王国内垄断此种买卖。
贫穷与肮脏使得疾病在百姓中永远超在治疗之前。到处都是成堆的垃圾及粪便，污染了空气，有时甚至充塞在道路上。巴黎有排水系统，亨利二世原希望将污水排到塞纳河。但市政当局向他解释塞纳河是全市一半市民饮水的惟一来源，因而使其计划作罢。1532年在英格兰已经成立了排水委员会，但一直到1844年为止，英格兰总共才有两个城镇用公款来清除贫民区中的垃圾。
这时传染病已经不像中古时期那样猖獗，但在高的出生率及高的婴儿死亡率下，那已足以使人口既无增加，亦未减少。从1500年到1568年日耳曼及法兰西全境不断地发生瘟疫，1422年、1577年以及1586年英格兰则因虱子的传染而流行斑疹伤寒。1528年、1529年、1551年、1579年在英格兰流行一种“出汗症”——可能是一种流行性感冒（influenza）；同样的病在1543—1545年流行于日耳曼，1550—1551年流行于法兰西。据说在几天之内，汉堡及亚琛两地方各死去万人。流行性感冒被认为是上天的影响，故因之得名。1562年鼠疫再度在日耳曼出现，使得汉堡4万居民中的9 000人丧生——虽然我们怀疑这些死于流行性疾病的统计数字可能过于夸大，而在好的一方面，则为癞病的消失及像舞蹈病那种精神病则亦不常见。
医术的进步远比医学的进步来得慢。庸医仍然到处都是，虽然有一些限制的法律，但仍然很容易无照行医。大部分的婴儿都是由产婆接生。当时几乎还没有分科等专门医生。牙科、药科及外科都没有分家。理发师亦能拔牙，并装上象牙制的假牙。除了维萨里等少数例外之外，几乎所有的医生都将外科手术留给理发医师去做。这些理发医师不仅替人理发，而且很多人还是受过训练的技术外科医生。
帕雷开始时也是一名理发医师的学徒，最后终于执外科学中之牛耳。他1517年出生在法国西北部缅因地方的波哈森（Bourg-Hersent in Maine），后来到了巴黎，并在圣米歇尔区开一间理发店。在1536年战争期间，他充当随军医生。在治疗那些伤兵时，他接受当时盛行的一种理论，认为枪伤的伤口是有毒的，而且也像维萨里一样，他用当时的方法以滚烫的熟油来烧伤口，那常使伤痛更为剧烈。有一晚油用光了，帕雷用蛋黄加蔷薇油及松脂做成的软膏涂在伤口上。第二天早上他写道：
昨晚我一直在想着那个我不能替他腐蚀伤口的病人，以至于使我整夜失眠。我原以为第2天早上他们都会去世，也正因为有这种念头，我起得特别早去看他们。但使我大为惊讶的是我发现那些我用软膏涂在他们伤口上的病人已经不太痛，而且也没有发炎……他们整晚睡得相当舒服。而其他用滚烫的熟油替他们消毒伤口的病人则发高烧，伤口发炎……并且非常痛苦。因此我决定今后绝不再用那种残酷的方法来消毒。
帕雷并没有接受多少教育，直到1545年他才发表他所著的小本手册，即现在我们所熟知的医学古籍——《论伤口之治疗》（Méthode de traicter les plaies）。在1552年战争当中，他证明在割伤的止血方法中，绑扎动脉比烧灼腐蚀来得有效。后来他被敌方所俘，但因他主持了几次很成功的手术而获得释放。回到巴黎之后，他被任命为圣恭（St.Côme）学院的外科主任，该学院在阴森森的沙本地方，在那里一个教授若不懂拉丁文将被视为生物学上的怪物。然而他却变成亨利二世的外科医师，然后替弗朗西斯二世、查理九世当御医。虽然他是新教徒，但在圣巴托罗缪节大屠杀中，他因皇命而受宽宥。1573年，他发表《外科二册》（Deux livres de chirurgie），并没有增加多少理论，但对外科的方法确较多讨论。他发明了一些新的工具，介绍义肢，普遍运用脱肠带来治疝气、改善胎位的转换方法，第一个自手臂关节切割肘的人，指出一氧化物之毒性，并指出苍蝇能传染疾病。他在医学史上最著名的是他的谦虚，他曾对那些恭贺他在一次困难的病例中成功加以抗议，他说：“我医他，但上帝使他康复。”他死于1590年，享年73岁。他改善了外科医师的地位与能力，并使法兰西在外科术上执牛耳达数世纪之久。
