镇压：6月3–4日
没有证据表明邓小平在决定向天安门派出武装部队时有任何迟疑。6月3日凌晨2点50分，他命令迟浩田“采取一切手段”恢复秩序。当时在北京的西方学者、很有眼光的墨宁（MelanieManion）解释了邓小平的理由：“即使为了控制骚乱而在6月3日清空街道，也极有可能无法结束抗议运动⋯⋯抗议者只会暂时撤退，然后又会积累起更大的力量⋯⋯6月4日动用武力，确实立刻一劳永逸地结束了这场运动。”[21-34]据邓小平的家人说，不管邓小平受到多少批评，他从未怀疑自己作出的决定是正确的。[21-35]很多观察者看到五月底广场上的人越来越少，认为不使用暴力清空广场也是可能的。但邓小平不仅担心广场上的学生，而且担心国家权威的普遍弱化，他断定为了恢复政府的权威，必须采取强硬行动。[21-36]
此时距苏联瓦解还有两年，但是邓小平在1989年就坚信，苏联和东欧领导人没有为维护党和国家的权力作出足够的努力。在波兰，1989年4月4日的圆桌会议使团结工会取得了政治控制权，将总统一职改为由选举方式产生，随后便是共产党的解散。巧合的是，波兰定于6月4日举行大选，而中国军队则在这一天占领天安门广场。曾在苏联留学的江泽民后来赞扬邓小平行动果断，使中国没有像苏联那样分崩离析。[21-37]
总数大约15万人的部队已经在京郊集结待命。[21-38]他们大多数是乘火车来的，但也有一些士兵是在6月1日乘十架飞机从更遥远的成都和广州抵达北京。为了预防需要更多的军队，广州机场从5月31日开始有六天没有售票。军队来自七大军区中的五个，不过所有军区司令员都表示赞成动用军队控制广场，因此并不存在某军区事后反对镇压学生的风险。无论结果好坏，他们都在一条船上。
在镇压过程中，军队的谋略家为了不使道路被封堵，早在5月26日就派出小队士兵渗透到北京市内。保密是关键。有些部队乘坐的是没有标记的卡车，武器也被藏了起来。有些部队为避免受到注意，穿着便装步行或骑自行车三五成群地进城。有些士兵守在交通要道附近，戴着墨镜，穿得像是地痞流氓。还有些人被允许穿着军装，但扮成外出进行常规跑步训练的样子。[21-39]几天内，他们不断以小规模分头进城，但在6月2日即星期五，进城士兵的数量增加了。尤其是一大批士兵逐渐集结到了天安门广场以西约四英哩的军事博物馆，这里将成为部队和装备的重要集结地之一。很多受过特别良好训练的部队也开始通过地下信道到达天安门广场旁边的人民大会堂内，他们将以训练有素的方式帮助天安门清场。还有一些穿便装的士兵被佈置在全市一些重要地点，负责提供有关道路封锁状况和示威者动态的情报。
5月19日军队第一次试图实施戒严时是在夜间行动，他们错误地以为人们都在睡觉，没有想到北京市民会借着月光涌上街头。军队领导人第二次采取行动时选择了6月3日夜间，按阴历这应该是最黑的一个夜晚。这个日子还有一个好处，因为6月4日是星期日，如果秩序能在这一天得以恢复，那么混乱就基本上被控制在周末而不是平常的工作日。
邓小平在6月3日承认，即使天安门广场和整个北京的秩序大体得到恢复，也需要几个月甚至数年时间才能改变人们的想法。他并不着急，并且觉得没有必要谴责那些参加绝食、示威或请愿的人。他命令军队只把违法者和试图颠覆国家的人作为目标。他告诉他们，镇压的理由是，为了继续改革开放，实现国家的现代化，中国需要和平稳定的环境。
在解释动用军队的理由时，邓小平承认需要进行政治改革，但是他也要坚持四项基本原则：坚持社会主义道路，坚持人民民主专政，坚持党的领导，坚持马列主义毛泽东思想。他说，如果让示威和贴大字报的现象继续下去，就没有精力把事情做好。他说，党的领导人要解释恢复秩序的决定，说服各级干部，让他们相信对抗议者采取行动是正确的。[21-40]
在6月3日之前的几天里，学生开始觉察到军队调动的一些迹象，但是他们不清楚已经有多少士兵渗透进市中心。此外，大多数学生无法想像他们的抗议会导致开枪。在6月3日之前，学生有几次投票表决是否继续占领广场。大多数人都投票赞成留下，因为主张离开的人已经用脚投了票。但是在6月4日前的几天里，一些学生领袖害怕受到惩罚，试图与政府谈判。他们说，离开广场的条件是保证他们不受惩罚，并且学生组织得到正式承认。[21-41]但他们没有获得这样的保证。
6月2日夜里，街头传出了一些部队正在开进北京的传言。示威者及其支持者到处传话，结果，军队试图进城时有很多部队车辆遭到堵截、推翻甚至烧毁。同时，政府官员则要求继续推进。6月3日下午乔石召开紧急会议研究清场的最后方案。杨尚昆把方案交给了邓小平，立刻得到批准。[21-42]领导人在6月2日估计会遇到示威者一定程度的抵抗，但是他们低估了对抗的强度。据陈希同说，人们“围困并殴打解放军。⋯⋯还有暴徒抢夺枪支弹药和其他军用物资。中央机关和一些重要部门遭到冲击”。抵抗的规模和决心让李鹏十分焦躁，他第一次使用了“反革命暴乱”的说法，这意味着要像对待敌人那样对付抵抗者。他说：“我们必须坚定不移地去镇压首都这场反革命暴乱。我们对付这一小撮暴乱分子不可手软。授权解放军戒严部队、武警、公安必要时运用任何方法去对付阻挠这项任务的人。”[21-43]
6月3日各集团军司令也在北京军区司令部开会，研究了进攻计划的细节：将用机动车把士兵分三批运进北京，每一批部队都从东西南北四个方向同时行动。第一批将在下午5点到6点半之间从三环和四环出发，第二批在7点到8点之间出发，第三批在9点到10点半之间出发。早到的卡车上有些并不会配备武器，但前三批军队之后将有两批武装军人赶到：一批将在10点半出发，另一批午夜后出发。[21-44]士兵要在黎明前清空广场。
行动按计划进行。6月3日下午6点半，广播和电视发佈了紧急通告，为了保护生命安全，工人要坚守岗位，市民要留在家里。中央电视台不停地播放这条通告，广场上的大喇叭也同样广播。[21-45]但是通告没有具体说明部队就要进城。由于政府已多次发出其他警告，很多人并没有足够重视“保护你们的生命”这句话。
6月2日和3日，抗议的学生采用了他们自5月19日以来学会的策略。尽管有对讲机的人很少，但他们很好地利用了摩托车来传递部队移动的消息。数百名称为“飞虎队”的骑摩托车者向各个地点传送消息，告知部队的动向，使人们能够及时设置路障。当路障迫使领头的卡车停下来时，人们便一拥而上，割破轮胎或放气，使卡车无法继续前进。然后人们又割断线路或拆卸零件，开始嘲弄车上的士兵，并朝他们扔砖头石块，有时候还攻击坐在卡车后面的士兵。路障在一些地方很有效，不但挡住了第一批卡车，而且使后来出发的卡车也无法绕过前面不能动弹的车队。[21-46]
最激烈的抵抗和暴力发生在6月3日夜晚到4日凌晨天安门以西四英哩的大街上，这里离木樨地不远，附近的高层住宅楼居住着很多退休的高干。38军的部队在晚上9点半到达木樨地时，看到数千名市民聚集在这里阻止他们前进。公车被拖到木樨地的路中央，挡住了装甲车前行。解放军先是放催泪瓦斯和橡胶子弹，但没有多大效果，人们大胆地向部队投掷石块和杂物回应。有个军官用扩音器命令人群散开，也没有奏效。由于38军军长徐勤先以身体抱恙为由拒绝带兵，这支从西面开过来的军队就像在中国内战中向解放军投诚的国民党军队一样，承受着需要证明自己忠诚的特殊压力。大约10点半前后，木樨地附近的部队开始朝空中鸣枪，投掷眩晕手榴弹，但并未造成死亡。
夜里11点时，仍然无法前进的部队开始直接向人群射击，使用的是每分钟能发射90发子弹的AK-47自动步枪。有人中弹时其他人就会将伤者搬离危险区，把他们抬上救护车或放在自行车和三轮车上，迅速送往最近的复兴医院。解放军的卡车和装甲车也开始全速前进，压过任何敢于挡路的人。[21-47]即使开始使用真枪实弹、以致命武器对付同胞，部队仍然用了大约四个小时，才走完从木樨地到天安门大约四英哩的路程。[21-48]
在天安门广场，虽然半夜之前到达的部队人数有限，但一些警察和便衣早在几小时前就已经来到这里。晚8点，灯光照亮了广场和东长安街，到晚9点时这条大街上已几乎空无一人。装甲车和坦克开始载着部队进入广场。在数英哩之外，当军队从东边向广场开进时，一些步枪子弹击中外国摄像师和记者们所在大楼的窗户——军队这是在警告他们不要靠近视窗，因为那里可以拍摄到广场附近的屠杀画面。一些穿便衣的军官挡住外国人，告诉他们离开大街以免受伤，并警告他们不要拍摄军事行动的照片。很多拍摄者的照相机和胶卷被没收。[21-49]
在部队开始进入广场之前，广场上仍有大约10万名示威者。6月4日即星期日凌晨1点，军人们开始从不同方向到达广场。在广场四周、长安街和人民大会堂前，士兵开始朝着向他们谩骂、扔砖头并拒绝离开的平民开枪。抗议者没有想到士兵会用真枪实弹对付他们，当一些被打死或打伤的抗议者被抬走时，剩下的人才变得恐慌。
到凌晨两点时广场上只剩下几千人。学生领袖柴玲宣佈，想走的就走，想留的就留。台湾流行歌手侯德健和刘晓波等几位著名知识分子早在6月2日就来到天安门广场，当时他们都认为这可能是学生占领广场的最后几天。[21-50]侯德健用麦克风警告仍然留在广场上的人说，武装部队正在向广场推进。他说，现在听他讲话的人已经证明了自己是不怕死的，但是血已经流得够多了，留在这里的人应该和平撤离，不要留下任何可以被当作武器的东西。
当部队步步逼近时，侯德健和另外三个人于3点40分左右与戒严部队见面，协商和平撤离天安门广场。经过简短的谈判之后，解放军军官表示同意。凌晨4点广场灯光关闭。侯德健返回后不久就通过话筒宣佈了他们达成的协议，让留在广场的学生马上离开。大约3,000人跟随着侯德健匆匆离开了广场。4点半军队和军车向前推进，留下来的学生往西南方撤退。早上5点20分时大约只剩下200名无畏的示威者。他们被部队强行赶走时，是黎明之前，5点40分，正如清场命令所要求的那样，广场上没有剩下一个示威者。[21-51]
据一些目击者说，广场上有人中弹，但政府发言人否认凌晨4点半到5点半之间广场上有任何人中弹，这是含蓄地承认了此前和此后可能有人遭到射杀。[21-52]政府也不否认广场附近的长安街上有人遇害。很多人想弄清楚那天晚上的死亡人数，但各种估计数目出入极大。中国官方在6月4日几天后的报告中说死了200多人，包括20名军人和23名学生，大约2,000人受伤。[21-53]李鹏在7月2日对布兰特・斯考克罗夫特说死了310人，其中包括一些解放军战士和36名学生。[21-54]遇害人之一的母亲丁子霖后来试图搜集当晚所有遇害人的姓名，截至2008年为止她总共搜集到近200个姓名。据38军政委李志远的报告，除了死伤的士兵外，有65辆卡车和47辆装甲运兵车被毁，另有485辆军车受损。[21-55]认真研究过这一事件的外国观察家所作出的最可靠估计是，遇害的示威者大约在300人到2,600人之间，有数千人受伤。最初一些外国的报道说有上万人死亡，但后来都承认这是严重的夸大。当时在北京的加拿大学者卜正民（TimothyBrook）根据外国武官的估计以及来自北京所有11所大医院的数据报告说，这些医院中至少有478人死亡，920人受伤。[21-56]有些人相信死亡人数可能高于这些医院纪录的数码，因为一些家庭担心伤者或家人受到长期政治迫害，或私下治疗，或通过非常规渠道处理了死者的尸体。[21-57]
解放军和警察在清场之后，花了几天时间清扫示威期间遍地垃圾的广场并捣毁了民主女神像。虽然与当地市民发生了少量扭打，但那晚的流血镇压之后，北京和天安门广场很快就恢复了令人不安的平静。
示威的学生领袖受到追捕：有些人被短期拘留，还有一些人被投入监狱。甚至一些著名知识分子，譬如在广场上劝说学生撤离的戴晴，也遭到逮捕和徒刑。邓小平亲自决定将赵紫阳的秘书鲍彤判刑七年，但他服刑期满后仍然处在严密的监控之下。赵紫阳的另外一些部下也被徒刑，一些示威者在20多年后仍未获释。通过“地下信道”提供的藏身处以及勇敢的友人的帮助，包括柴玲和吾尔开希在内的一些学生领袖，以及像严家其和陈一谘那样的知识分子领袖，设法成功逃往国外。而王丹被徒刑几年后获释，他流亡到西方，在那里继续自己的学业。
