1794年元月27日巴黎
一开始，潘恩就他何故要写这本书提出了一个意想不到的理由：不是要摧毁宗教，而是要从斫伤社会秩序的非理性形式中阻止其腐败，“免得在一般迷信邪风、政府的虚假制度和虚假的神学理论中破灭，我们失去了真正的道德、人性和神学的视野”。同时他自信地补充说：“我信仰一个上帝，别无其他，我希望死后的安乐。”
接着，他拿出奥卡姆（William of Occam or Ockam，1300？—1349？，英国哲学家）的锐利笔锋：
我不信仰由犹太教会、罗马教会、希腊教会、土耳其教会、新教教会公然宣示的教义，也不信仰任何我所知道的教会的教义。我自己的心智就是我自己的教会。一切国立的教会机构……在我看来不过是人类的发明物，设置来恐吓和奴役人类，来垄断权力和利益的。
他称赞基督为“一位有德行和和蔼的人”，而“他所谆谆劝诫和笃实践履的道德便是最仁慈的德行”。但是，他受到上帝眷顾的故事，只是盛行在异端中的神话之一种变形。
几乎所有生活在异端神话中的异人，都誉之为上帝们的儿子……上帝们与妇人们的媾和是那时一种通行的意见。依据他们的叙述，他们的朱庇特（Jupiter）与几百妇女同居。因此，这则故事没有什么新鲜、奇特或猥亵之处。这种意见是盛行在当时称作“非犹太人”（Gentiles）间的共同看法……并且也只有那群人相信不疑。严格地只相信一神，并不断地驳斥异端神话的犹太人，从不信任这则故事。
因此，基督教神话仅仅是异端神话的一种新形态。
那时所追随的三位一体说，只是大约以前两三千年来的多神论的一种缩影。玛利亚的地位是继承以弗所城（Ephesus）的狄安娜（Diane）的地位，英雄们的神格化变为圣哲们的圣徒罢了。神话学家们使诸神化为万物，基督神话学家们则使圣哲化为万物，教堂就如万神殿一般拥满了同一信仰的群众……基督教理论比起古代神话学家们的偶像崇拜并无多少差异，适应在权力和岁入的目的上，而它尚未到涤除模棱两可的错误而保留理性和哲学的时期。
潘恩接着摇动他的理性探照灯到《创世纪》（The Creation）一书上去，因为不能忍受那些寓言，就专注到夏娃和苹果上面。他和弥尔顿一样，被人类的第一位叛徒撒旦迷住了。此君是一位想要废止一位君主而被投进地狱中的天使，在那里忍受无尽止的折磨。但是，他必须不时躲避那些永不熄灭的火焰，因为他已找到进入伊甸园（The Garden of Eden）之路和可能是最迷人的诱惑。他可能向夏娃许诺知识，向基督许诺半个世界。潘恩感到惊奇，基督教神话给予撒旦不可思议的荣耀，它假设他可能迫使全能之神（the Almighty）把他的独子送到犹太（Judea，古代罗马所统治的巴勒斯坦[Palestine]南部）和被钉上十字架，以为他收回显然爱着撒旦的几近一半的行星。纵然有那种钉上十字架的事，魔王（theDevil，指撒旦）仍然保持了一切非基督教的领域，而在基督教国度里也有几百万仆人。
这一切，我们的怀疑心很重的人说，是依据从摩西（Moses）到圣保罗（Saint Paul）这系列记录员记下的全能的神自己的话，提供给我们最严肃的证据。潘恩认为这种说法只适于育婴室，和忙于面包和牛油、衰老病死、无暇去怀疑神学家们卖给他们期票的成人们的故事。对意志较强的人，他也提出上帝的形状并不像人类，而应理解为宇宙的生命。
只有在《创世纪》中，我们的所有诸神……的观念才能结合成一体。《创世纪》说出了一种人类全体的语言……而上帝的这种道的启示，是全人类为了解上帝所不可少的。
我们要默察它的权力吗？我们从无限大的创世中见到它。我们要默察它的智慧吗？我们从主宰着无限的整体不变秩序中见到它。我们要默察它的宽宏大量吗？我们从它充塞在地球上的每一个角落中见到它。我们要默察它的慈悲吗？我们从它的胸襟中见到它。总而言之，我们要知道上帝是什么吗？不要从所谓的《圣经》（Scripture）一书上去探究……而是从称作《创世纪》的圣经上去了解。
他自1793年12月28日起受监禁，直到1794年7月27日罗伯斯比尔垮台为止。11月4日，“国民会议尽他们的权力之所及补偿了我所遭受的不正当行为，全体一致通过邀请我重回国民会议……而我接受了”。在动乱不安的11个月的反动中，他写出了《理性世纪》的第二部分，这部分致力于对《圣经》的刻意批评，对早已提供较为学术性的研究——许多是由牧师们从事的——则绝少增益。在英美两地，他对上帝信仰的主张，他对《圣经》的狂热驳斥，则因人民重视和政府珍惜《圣经》之故，而得不到重视，他发现自己在出生地和归化地得不到尊敬。1802年，当他回到纽约（New York）时——那里曾赠给他在新罗谢尔（New Rochelle）的300英亩产业，答谢他以前对美国大众的贡献——他受到了冷淡的接待，只有部分则因杰斐逊的忠诚友谊而抵制住了。他的最后7年，因耽于饮酒而变得黯淡无光。他于1809年死于纽约。10年后，威廉·科贝特才将潘恩的遗骸移到英格兰。在那里，他那不屈不挠的精神，通过他的书籍，在产生1832年的选举法修正案（The Reform Act）的长期奋斗中，扮演着一种角色。
虽然潘恩可称得上是一位自然神论的信仰者，而非无神论者，许多基督教的信仰者感到，他的自然神论只是他不相信一位人格化上帝的一种文雅的掩饰。威廉·佩利，维尔茅斯（Wearmouth）的教区牧师，在《基督教证据便览》一书中，就他的信仰提出了十分有力的辩护，直到1900年，此读物仍然是进入剑桥大学的优先读物。不过，更为有名的是他的《自然神论》（Natural Theology，1802年）一书，该书从科学自身，累积在自然界中设计的证据，证明至高智者（Supreme Intelligence）之存在。他辩称，如果一个没有见过表的人遇到一只表，并检查了它的机器，他会不承认是某些智慧者设计的吗？那么，在自然界中，岂没有数千种运作是对一种期望效果的有意安排呢？
在一方面，我们见到智者之力安排行星的组织……在另一方面……供给一只蜂鸟的细毛用做歙合的一种适当机器……每一种有组织的自然体，在它含蕴的生存和繁衍的食粮中，在创世主方面说，正证明了表白导向这些目标的一份谨慎。
英格兰的半数有学问的人，开始讨论起佩利的著作和表了，柯勒律治、华兹华斯和黑兹利特在克吉刻（Keswick）开始生动地辩论了。自然神论有很长的一段生命，伟大的达尔文本人在形成他的反对论——官能对所期望的目的上之适应是经过自然淘汰而发生的——之前，曾很仔细地研究过它。佩利之后一个世纪，亨利·柏格森（Henri Bergson）在《进步的创造》（L’Evolution créatrice，1906年）上雄辩滔滔地重写了《设计的论辩》一文。这场辩论一直继续着。
