斯卡利挽救苹果
乔布斯离开后，约翰·斯卡利开始采取行动来挽救困境中的苹果。在斯卡利的领导下，苹果放弃了Lisa项目，推出了高端版的麦金塔计算机，即MacII，同时推出了原麦金塔计算机的改进版，其中最经典的当属1986年1月推出的MacPlus。
MacPlus修复了原麦金塔计算机的大部分缺陷。方向对了，利润就来了。斯卡利为公司降低了损失，让公司恢复了元气。在接下来的那几年，苹果公司进入了黄金时期。
斯卡利一扫苹果公司失去乔布斯后的低迷，推动了麦金塔产品系列的开发，使公司扭亏为盈。斯卡利最终解散了AppleII项目组，但他并没有忘记先为AppleII的开发人员提供他们应得的奖励。在乔布斯任职的后期，AppleII项目为公司所做的努力被全盘否定。为了表示自己对AppleII团队的支持，斯卡利将德尔·约克姆提拔为COO。
斯卡利开始前所未有地倚重两个欧洲人——德国人迈克尔·斯宾德勒和法国人吉恩·路易斯·盖西。斯宾德勒对计算机技术和欧洲市场十分熟悉，因此他负责苹果公司在欧洲的活动。而吉恩·路易斯·盖西是一位富有魅力而机智的法国人，他主要负责激励程序员，活跃公司氛围。盖西使法国子公司成为苹果经营得最成功的分公司，他本人也迅速成了这家世界顶尖的计算机公司管理层的二号风云人物。盖西说话时喜欢打比方，时常语出惊人，他曾经发表过一篇题为“如何阻止日本人吃掉我们的寿司”的演讲。与斯卡利不同，盖西懂技术，因而能赢得公司程序员的尊敬和好感。
在帕洛阿尔托研究中心的研究人员推出打字机操控语言和设计排版程序后，苹果公司推出了一款激光打印机，竞争激烈的桌面排版（desktoppublishing，简称DTP）市场就此成型。因为麦金塔计算机一直沿用乔布斯坚持的艺术排版功能，所以其本身实际上已是一部DTP机。苹果公司在随后的几年中一直主导着DTP市场。“我们稳操胜券。”克里斯·埃斯皮诺萨回忆道，当时苹果公司的产品受到消费者的青睐，即使公司提高产品价格，消费者短时间内也不会抱怨。“公司的净利润达到55%，成为市值上百亿美元的公司只是时间问题，苹果前途一片光明。”
虽然外界一无所知，但苹果公司当时发生了一件出乎意料的事。1985年10月24日，微软公司威胁说，除非苹果公司向其提供操作系统软件的许可证，否则微软将停止为麦金塔计算机开发核心应用软件。微软公司当时在为DOS系统开发图形化用户界面（用户可以在屏幕上看到并选中项目和选项），并将其命名为Windows操作系统。微软不希望因为Windows的图形化用户界面与苹果的界面过于类似而遭到苹果公司起诉。尽管微软对苹果的威胁可能不会坚持很长时间，但斯卡利认为自己不应该心存侥幸。斯卡利将许可证授权微软，这一举措让他后来非常后悔，他曾尝试过撤回这一授权，但没有成功。
这件事并没有影响到苹果公司的扩张。投资人、客户和员工皆大欢喜。然而，前方还有新的麻烦事儿正等着苹果公司呢。
许多同行已进入个人计算机市场，推出类似于IBMPC的计算机，而且这些机器上运行着与IBMPC相同的软件。这些IBM兼容机的价格不断下降，而苹果公司的价格居高不下，与市场格格不入。到了20世纪80年代后期，Windows的界面日臻完善，逐渐将苹果公司的市场份额收入囊中。
除了微软的Windows，市面上还出现了苹果图形化用户界面的其他同类产品，如IBM的TopView、数字研究公司的GEM图形化用户界面、程序员内森·梅尔沃德经营的DSR公司的Mondrian以及VisiCorp（前身是个人软件公司）的VisiOn。
图形化用户界面开始成为市场主流，这让麦金塔计算机占尽优势。个人计算机日益标准化，消费者已不再首要关注计算机的核心硬件，而是更重视软件的适配性。第三方软件（由非计算机制造商的公司开发的软件）一般优先适配Windows系统，只是间或适配苹果的系统。企业界早期的观点认为，苹果的系统只是玩具，不是真正的商用计算机，并没有人对这一说法加以反驳。
苹果公司被包围了。到了20世纪80年代，计算机行业的形势逐渐明朗，仅靠自己单薄的力量，苹果公司无法与充斥着IBM兼容机的市场对着干。摆在苹果公司面前的路只有两条。第一条路是重新采用沃兹原则，即采用开放式结构，以便其他公司克隆苹果的系统，但可以使用授权的方法，其他公司必须有许可证才能克隆，这样一来苹果公司就能从每一台兼容机上收取利益。第二条路是选择与另一家公司联手。
授权许可证的想法早在1985年就被提起过。当时斯卡利接到了比尔·盖茨的来信，信上详细说明了苹果公司为什么要授权他人使用苹果的技术。在苹果公司内部，投资关系部主任丹·艾勒斯当时就坚定地支持这种做法，即使多年后他还是这么想的。而吉恩·路易斯·盖西则提出反对意见，他质疑在授权许可证后苹果公司还能否保护自己宝贵的知识产权。盖西心里嘀咕着：“凭什么断定其他公司不会利用你的产品来抢占你的市场呢？”
1987年，一笔能让苹果公司盈利的业务即将到手。那年，苹果公司准备将其操作系统的许可证授权给Apollo公司（首家工作站公司），用于各种高端工作站，这个市场似乎能够很好地补充苹果市场的空白。然而，斯卡利在最后一刻取消了这笔交易。
苹果公司的言而无信差点儿将Apollo公司整得关门歇业。Apollo工作站的竞争对手太阳微系统公司购买了一个开放系统模型，通过出售该系统的许可证，太阳微系统公司逐步占领了越来越大的工作站市场。
苹果公司的另一个选择是合并或收购。在早期，Commodore公司就尝试过收购苹果公司，差点儿就谈成了。苹果公司这些年来一直没间断过合并或收购的洽谈，随着兼容机市场的扩张，苹果公司的合并和收购洽谈与日俱增。20世纪80年代后期，斯卡利让丹·艾勒斯探索收购太阳微系统公司的可能性。10年后，两家公司发生了逆转，太阳微系统公司开始探讨收购苹果公司的可能性了。
1988年，在管理层人员改组中，德尔·约克姆不再担任COO。吉恩·路易斯·盖西和迈克尔·斯宾德勒成为这次改组的直接受益者。“人事改组”在苹果公司中已是家常便饭。在1990年的改组中，迈克尔·斯宾德勒被任命为COO，约翰·斯卡利任命自己为CTO，吉恩·路易斯·盖西却成了局外人。没过多久，盖西就辞职离开了公司。在这个由IBM加入而催生的新市场中，苹果公司的生死存亡成了未知数。
